Tras el estallido de la guerra cuando las tropas georgianas entraron en Abjasia en agosto de 1992, la Confederación celebró su 11ª sesión parlamentaria en Grozny. Un propósito claro del establecimiento de esta organización se hizo evidente después de este período de sesiones. La Confederación creó destacamentos de asalto de voluntarios que más tarde se desplegaron en Abjasia durante la guerra. La confederación reunió a unos 1.500 voluntarios, la mitad de ellos procedentes de Chechenia. También se ha informado de que el famoso caudillo checheno Shamil Basayev se convirtió en comandante de las fuerzas del CMPC en 1992.

El presidente de la Confederación, Musa Shanibov, y el presidente del Parlamento, Iysuph Soslanbekov, hicieron una declaración oficial:

» Como no hay otra forma de retirar el ejército de ocupantes georgianos del territorio de la Abjasia soberana y con el fin de aplicar la resolución de la 10a Sesión del CMPC, ordenamos:

1. Todos los cuarteles generales de la Confederación tienen que enviar voluntarios al territorio de Abjasia para aplastar militarmente al agresor.
2. Todas las formaciones militares de la Confederación deben llevar a cabo acciones militares contra cualquier fuerza que se les oponga y tratar de llegar al territorio de Abjasia por cualquier método.
3. Anunciar Tiflis como zona de desastre. En ese caso, utilizar todos los métodos, incluidos los actos terroristas.
4. Declarar como rehenes a todas las personas de etnia georgiana que se encuentren en el territorio de la Confederación.
5. Todo tipo de carga dirigida a Georgia será retenida.»

La Sede Central de la Confederación, dirigida por Yusup Soslanbekov, se había encargado de aplicar medidas prácticas contra los «enemigos del pueblo abjasio». Las fuerzas del CMPC participaron en la operación de asalto de Gagra, en la que murieron cientos de civiles.

El 3 de octubre, formaciones abjasias y confederadas lanzaron un ataque a gran escala contra las aldeas de Kamani y Shroma (cerca del río Gumista) que fue repelido por las fuerzas georgianas.

Masacre de SujumiedItar

El 27 de septiembre de 1993, la parte abjasia violó el acuerdo de alto el fuego mediado por la ONU (la parte georgiana había acordado retirar toda la artillería pesada y los tanques de Sujumi a cambio de un alto el fuego) al asaltar Sujumi indefensa. Los Confederados se trasladaron a Sujumi y comenzaron a barrer las calles de la ciudad. A medida que la ciudad se vio envuelta en intensos combates, los civiles se refugiaron en casas y edificios de apartamentos abandonados. Algunos de los civiles de etnia georgiana fueron masacrados después de su descubrimiento por los Confederados. A última hora de la tarde, el resto de las tropas georgianas se rindieron a la parte abjasia. La mayoría de los prisioneros de guerra georgianos fueron ejecutados el mismo día por formaciones abjasias y confederados. Pocos civiles y militares lograron sobrevivir a la masacre. La masacre continuó durante dos semanas después de la caída de Sujumi (véase Limpieza étnica de georgianos en Abjasia).