Desde su desarrollo original en 2006, CHARMM-GUI ha demostrado ser una plataforma web ideal para construir sistemas complejos de forma interactiva y preparar sus entradas con protocolos de simulación bien establecidos y reproducibles para simulaciones biomoleculares de última generación utilizando paquetes de simulación ampliamente utilizados como CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond y OpenMM. El proyecto de desarrollo CHARMM-GUI ha sido ampliamente adoptado para varios propósitos y ahora contiene una serie de módulos diferentes diseñados para configurar una amplia gama de sistemas de simulación biomolecular en el Generador de entrada. Muchos módulos originales se desarrollaron como un esfuerzo interno, pero hemos establecido una estrecha colaboración con los desarrolladores de CHARMM y otros paquetes de simulación de MD para agregar módulos más nuevos.
Nuestra filosofía en el desarrollo de la interfaz gráfica de usuario de CHARMM no consiste en proporcionar los elementos básicos del modelado molecular, sino que se centra en ayudar a los usuarios a lograr una tarea, como construir un sistema de membranas o solventar una proteína, proporcionando una interfaz optimizada. Este principio de diseño nos ayuda a pensar críticamente en el flujo de trabajo al diseñar la interfaz, lo que hace que CHARMM-GUI sea accesible para usuarios con poca experiencia en herramientas de modelado y siga siendo útil para los expertos, especialmente para la generación por lotes de sistemas. CHARMM-GUI ha sido utilizado por muchos investigadores, y es una herramienta bien reconocida en las comunidades de modelado biomolecular y simulación (ver Citas de Google Scholar).
El proyecto de desarrollo de la interfaz gráfica de usuario de CHARMM todavía está en curso. Estas funcionalidades no solo se basan en solicitudes de usuarios y desarrolladores en general, sino también en la necesidad emergente de una plataforma unificada para preparar y ejecutar varios enfoques de simulación avanzados que han sido desarrollados y serán desarrollados por muchos desarrolladores en diversas comunidades y paquetes de simulación. CHARMM-GUI continuará ayudando a investigadores expertos y no expertos de una gama más amplia de la comunidad de modelado y simulación a construir los complejos sistemas biomoleculares de su interés y preparar los archivos de entrada para cualquier modelado y simulación general y avanzada a través del amplio y único alcance de la funcionalidad de CHARMM-GUI. También proporcionará un recurso en línea eficaz y único para que la comunidad de investigación biomédica lleve a cabo investigaciones innovadoras y novedosas de modelado y simulación biomolecular.
Visite nuestro archivo de COVID-19 para obtener una colección de sistemas de proteínas SARS-CoV-2.Siga a CHARMM-GUI en Twitter: https://twitter.com/CharmmGui.
El servidor CHARMM-GUI estará inactivo por mantenimiento el sábado 27 de marzo de 1:00 a 2:00 PM (EDT).
CHARMM-GUI requerirá crear una cuenta de usuario a partir de una semana después del mantenimiento.
