Charles McBurney nació en 1845. Se graduó en artes en la Universidad de Harvard en 1866, y se graduó en medicina en el Colegio de Médicos y Cirujanos de la Universidad de Columbia en la Ciudad de Nueva York con un doctorado en 1870. Se entrenó en Europa durante 2 años, y comenzó a practicar en Nueva York en 1873. Se convirtió en cirujano asistente del Hospital Bellevue en 1880, y cirujano jefe del Hospital Roosevelt (ahora Mount Sinai West) en 1888. Aquí hizo su trabajo más famoso sobre la apendicitis, presentando su informe sobre la gestión operativa a la Sociedad Quirúrgica de Nueva York en 1889. Describió el punto de mayor sensibilidad en la apendicitis, que ahora se conoce como punto de McBurney. Fue profesor de cirugía de 1889 a 1907, y posteriormente se convirtió en profesor emérito de cirugía. Continuó avanzando en el tratamiento de la apendicitis, y en 1894 describió la incisión que utilizó; aunque la incisión había sido descrita previamente por Louis L. MacArthur, se conoció como la incisión de McBurney. Fue galardonado con una beca honoraria por el Royal College of Surgeons de Edimburgo en 1905 durante las celebraciones del 400 aniversario del colegio. La beca honoraria fue otorgada a los 36 cirujanos más conocidos de la época.Además de su trabajo sobre apendicitis, McBurney también publicó artículos sobre el tratamiento de la estenosis pilórica, el manejo de la dislocación del hombro con fractura del húmero y la enfermedad de los cálculos biliares. También introdujo el uso de guantes de goma durante sus operaciones para mejorar la técnica aséptica, siguiendo el ejemplo de William Halsted.
Después de que el presidente estadounidense William McKinley fuera baleado el 6 de septiembre de 1901, el Dr. McBurney dirigió el equipo médico que supervisó su recuperación después de una cirugía de emergencia y anunció a la prensa el 10 de septiembre que la condición del Presidente estaba mejorando y que estaba fuera de peligro.
Fue un entusiasta cazador y pescador, y murió en 1913 en un viaje de caza en Massachusetts.
Su nieto fue el arqueólogo estadounidense Charles McBurney y su bisnieto es el actor, escritor y director inglés Simon McBurney.