med Slaget ved Trafalgar og sammenbruddet af franske håb om invasion overtog Cotton kommandoen over flere skibe, der var stationeret ud for Tejo i Portugal. Efter den franske invasion af Iberia støttede Cotton tæt det portugisiske forsvar og efterfølgende hæren under Sir Arthur Godtesley som kæmpede i Slaget ved Vimeiro. Admiral Cotton, nyligt forfremmet, protesterede mod Sintra-konventionen som sluttede kampagnen og nægtede at anerkende bestemmelsen, der tillod den blokerede russiske eskadrille i Lissabon sikker passage tilbage til Rusland. Ved at opretholde blokaden over indvendinger fra allierede og fjender tvang Cotton til sidst den russiske admiral til at acceptere en revision af traktaten, hvor hans skibe forblev lovligt russiske, men ville blive holdt i en afvæbnet tilstand i en britisk havn i varigheden af Anglo-russiske fjendtligheder.i 1808 forblev Bomuld væk fra Portugal og arrangerede Lissabon som den vigtigste havn for den britiske invasion af Iberia senere på året. Han planlagde og udførte også den havbårne udvinding af de 30.000 mænd fra Sir John Moores hær fanget i Galicien. Cottons planer tillod en flåde at transportere for at fjerne langt størstedelen af hæren, efter at de havde besejret tæt fransk forfølgelse i Slaget ved Corunna. Sent på året blev Cotton tilbagekaldt til Storbritannien.i 1810 blev Cotton valgt som afløser for Middelhavsflåden efter hans pludselige død. Dette var den næsthøjeste søkommando i flåden, og Cotton fortsatte den tætte blokade af den franske flåde i Toulon og udvidede operationer fra havet mod franske tropper, der opererede i det sydlige Spanien. I midten af 1811 blev Cotton tilbagekaldt til Storbritannien og overtog kommandoen over Kanalflåden fra Lord Gambier ved sidstnævntes pensionering. Bomuld var i stillingen kun fem måneder, da han den 23.februar 1812 kollapsede og døde af apopleksi i Plymouth efter at have inspiceret flåden i dens vinterpladser.
Bomuld blev overlevet af sin kone og deres fire børn. Lady Cotton blev født i Philadelphia (F ca 1763 d 1855), datter af Admiral Sir Joshua Robley 1.Bt. Rækkerne var allerede et fremtrædende flådedynasti med tre baronetter opnået af individuelle familiemedlemmer. Cotton giftede sig med Philadelphia i 1798. Af deres fire børn blev den ældste søn Sir St Vincent Cotton, 6. Baronet (1801-1863) i en alder af 10 år. (Han giftede sig kun kort før sin død 1863, og baronetcy uddøde med sin død i januar 1863). Hans datter Marie Susanna senere Lady King (d. 1871) var den anden kone til viceadmiral Sir Richard King, 2.Bt, fra 1822 og havde flere børn af ham.
Bomuld blev begravet i Landvandskirken i Cambridgeshire med sin familie, der rejste et mindesmærke for ham i Madingley. Hans mindesmærke af den monumentale mason Hørmand blev rejst i Cambridgeshire sognekirke.
