Parallel Prefetching for Canonical Ensemble Monte Carlo simuleringer

for at muliggøre store molekylære simuleringer skal algoritmer effektivt udnytte multicore-processorer, der fortsætter med at stige i det samlede antal kerner over tid med relativt stillestående urhastigheder. Selvom paralleliseret molekylær dynamik (MD) har draget fordel af denne tendens inden for computerudstyr, er enkeltpartikelforstyrrelser med Monte Carlo (MC) vanskeligere at parallelisere end systemdækkende opdateringer i MD ved hjælp af domænedekomponering. I stedet rekonstruerer prefetching den serielle Markov-kæde efter beregning af flere MC-forsøg parallelt. Kanoniske ensemble MC simuleringer af en Lennard-Jones væske med præfetching resulterede i op til en faktor på 1,7 speedup ved hjælp af 2 tråde og en faktor på 3 speedup ved hjælp af 4 tråde. Strategier til maksimering af effektiviteten af præfetching-simuleringer diskuteres, herunder den potentielt kontraintuitive fordel ved reducerede acceptssandsynligheder. Bestemmelse af den optimale acceptssandsynlighed for en parallel simulering forenkles ved teoretisk forudsigelse fra serielle simuleringsdata. Endelig blev komplet open source-kode til parallelle prefetch-simuleringer gjort tilgængelig i Free Energy and Advance Sampling Simulation Toolkit (FEASST).

Skriv et svar

Din e-mailadresse vil ikke blive publiceret.