Morgan-filialen i selskabet sporer sin historie til J. P. Morgan og Company, Inc. (etableret 1895) og Guaranty Trust Company (1864), som fusionerede i 1959. Banken blev omdøbt til Morgan Guaranty Trust Co. i 1969. I 1989 blev Morgan en førende amerikansk forsikringsselskab for virksomhedsgæld, og i slutningen af det 20.århundrede var det blevet et af verdens mest respekterede investeringsbankhuse. Se også J. P. Morgan; J. P. Morgan, Jr.

i det tidlige 21.århundrede kombinerede det nye firma Chase Manhattans erfaring inden for personlig bankvirksomhed og små virksomheder med J. P. Morgans baggrund inden for Investeringsbank, statspapirer og kommerciel bankvirksomhed. Bank en af Chicago fusionerede med JPMorgan Chase i 2004. De fleste af Bank One ‘ s operationer antog Chase-mærket. I 2008 led JPMorgan Chase milliarder af dollars i tab under subprime-realkreditkrisen, en alvorlig sammentrækning af likviditeten på kreditmarkeder over hele verden som følge af den stejle devaluering af realkreditobligationer. I slutningen af 2008 investerede den amerikanske regering 25 milliarder dollars i JPMorgan Chase under Emergency Economic Stabiliseringslov, en lov designet til at forhindre krisen i at forårsage yderligere skade på det amerikanske finansielle system (pengene blev tilbagebetalt i juni 2009). I September 2008 beslaglagde den føderale regering bankholdingselskabet Mutual, Inc. og solgte sine bankaktiver til JPMorgan Chase. I maj 2012 meddelte JPMorgan Chase, at en investeringsenhed i banken havde mistet omkring 2 milliarder dollars gennem en kompleks række handler i derivater, herunder kredit-standardbytter (CDSs).