Grundvandsøkosystemer er de vigtigste kilder til drikkevand over hele verden, men de er truet af forurening og overudnyttelse. Olieudslip tegner sig for den mest almindelige forureningskilde, og den høje kulstofbelastning resulterer i iltmangel og stejle geokemiske gradienter. Mikrober spiller en vigtig rolle i omdannelsen af petroleumskulbrinter til mindre giftige stoffer. For at undersøge mikrobielle populationer på enkeltcelleniveau er fluorescens in situ hybridisering (FISH) nu en veletableret teknik. For nylig er der imidlertid indført katalyseret reporteraflejring (kort)-fisk til påvisning af mikrober fra oligotrofiske miljøer. Ikke desto mindre udgør petroleumsforurenede akviferer et værst tænkeligt scenario for fisketeknikker på grund af kombinationen af høj baggrundsfluorescens af kulbrinter og tilstedeværelsen af små mikrobielle celler forårsaget af de lave omsætningshastigheder, der er karakteristiske for grundvandsøkosystemer. Det er derfor ikke overraskende, at undersøgelser af mikroorganismer fra sådanne steder hovedsagelig er baseret på dyrkningsteknikker, fingeraftryk og amplicon-sekventering. For at afsløre befolkningsdynamikken og interspecies-forholdet mellem de vigtigste deltagere i nedbrydning af forurenende stoffer er fisk imidlertid et uundværligt redskab. I denne undersøgelse blev en protokol for fisk udviklet i kombination med cellekvantificering ved hjælp af et automatiseret tællemikroskop. Protokollen omfatter adskillelse og oprensning af mikrobielle celler fra sedimentpartikler, cellepermeabilisering og endelig KORTFISK i en mikrobølgeovn. Som et principbevis blev fordelingen af Archaea og bakterier vist i 60 sedimentprøver taget på tværs af forurenende plume af en akvifer (Leuna, Tyskland), som har været stærkt forurenet med flere ti tusind tons petroleumskulbrinter siden Anden Verdenskrig.