installation og brug af checkm

se projektets startside for brugsoplysninger og installationsinstruktioner: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki

Vi anbefaler ikke at installere checkm fra Mastergrenen. Dette kan være ustabilt. Installer en officiel frigivelse af CheckM eller brug pip.

estimering af kvaliteten af HLR-genomer

oplysninger om opnåelse af forbedrede kvalitetsestimater for HLR (Patescibacteria) genomer kan findes her:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/arbejdsgange#brug af-HLR-markør-sæt

Migration til Python 3

CheckM er blevet porteret til Python 3 for at imødekomme Python 2, der når slutningen af livet den 1.januar, 2020. CheckM >=1.1.0 kræver Python 3. Python 2 understøttes ikke længere aktivt. Undskyld for eventuelle problemer, dette kan medføre.

massiv tak til baudrly, Vini Salasar og Asaf Peer for indledende Python 2 til 3 portering.

Python 2 til 3 Validering

portering af CheckM til Python 3 var validering på et sæt af 1.000 genomer tilfældigt vælge fra gtdb R89 repræsentative genomer. Resultaterne blev sammenlignet med dem, der blev genereret med CheckM v1.0.18, den sidste Python 2-version af CheckM. Identiske resultater blev opnået for metoderne’ lineage_vf’,’ taksonomi_vf ‘og’ ssu_finder ‘ på tværs af dette sæt testgenomer. Andre CheckM-metoder er blevet udført på et lille sæt af 3 genomer for at kontrollere, at de kører til færdiggørelse under Python 3.

fjernet funktionalitet

følgende funktioner er blevet fjernet fra CheckM v1.1.ikke-kritisk, sjældent brugt plot, der ikke skaleres til det store antal MAGs, der nu gendannes

par_plot: ikke-kritisk plot og de samme oplysninger præsenteres bedre i referencedistributionsplot

cov_pca, tetra_pca: ikke-kritisk plot og de samme oplysninger præsenteres bedre i referencedistributionsplot

cov_pca, tetra_pca: alternativer til disse statiske plots findes i værktøjer som Anvi ‘o

len_plot: sjældent brugt plot, der stort set er overflødigt med len_hist-og plotplotterne

bin_union, bin_compare: funktionsrige alternativer findes nu som DAS-værktøj og UniteM

fejlrapporter

Rapporter fejl gennem GitHub-problemsystemet.