etablering af diagnosen cystisk fibrose (CF) er ligetil hos de fleste patienter: de har et klart klinisk billede (oftest kroniske åndedrætssymptomer plus malabsorption), svedchloridværdien er>60 mmol / L og to kendte sygdomme, der forårsager CFTR-mutationer, identificeres. Hos mindre end 5% af forsøgspersonerne, hovedsageligt dem med en mildere eller begrænset fænotype, er diagnoseprocessen mere kompleks, fordi de første diagnostiske testresultater er ufattelige: svedchloridkoncentration i mellemområdet, mindre end 2 CF forårsager identificerede mutationer eller begge dele. Disse patienter skal henvises til ekspertcentre, hvor bioassays af CFTR fungerer som måling af nasal potentiel forskel eller måling af tarmstrøm kan udføres. Alligevel er diagnostiske kriterier ikke opfyldt hos nogle patienter på trods af symptomer, der er kompatible med CF og en vis indikation af CFTR-dysfunktion (f.eks. kun mellemliggende svedchloridværdi) (f. eks. kun 1 CFTR-mutation identificeret). For disse emner anvendes udtrykket CFTR-relateret lidelse (CFTR-RD). Patienter med dissemineret bronchiectasis, medfødt bilateralt fravær af vas deferens og akut eller tilbagevendende pancreatitis kan falde i denne kategori. CF har et meget bredt sygdomsspektrum, og i stigende grad stilles diagnosen i voksenlivet, hovedsageligt hos personer med mildere fænotyper. I mange lande er landsdækkende CF nyfødt screening (NBS) blevet introduceret. Hos screen positive babyer skal diagnosen CF bekræftes ved en svedtest, der viser en svedchloridkoncentration over 60 mmol/L. For at opnå fordelen ved NBS skal enhver baby, i hvilken diagnosen CF er bekræftet, modtage øjeblikkelig opfølgning og behandling i et CF-referencecenter. CF NBS er ikke fuldt bevis: nogle diagnoser vil blive savnet, og hos nogle babyer kan diagnosen ikke bekræftes eller udelukkes med sikkerhed. Screeningsalgoritmer, der inkluderer gensekventering, registrerer et stort antal af sådanne babyer, der er screen-positive med en ufattelig diagnose (CFSPID). Selv i 2016 er den mest pålidelige og bredt tilgængelige diagnostiske test for CF måling af chloridkoncentration i sved. Den valgte metode er svedinduktion ved pilocarpin iontoforese efterfulgt af svedopsamling på et gasbind eller filterpapir eller i en Makro-spole. Da mutationsspecifikke terapier er blevet tilgængelige, er det vigtigt at identificere de mutationer, der er ansvarlige for CF hos hver enkelt patient.