hemIDplus (http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/) er et internetbaseret søgesystem, der giver adgang til struktur-og nomenklaturmyndighedsfiler, der bruges til identifikation af kemiske stoffer citeret i National Library of Medicine (NLM) databaser. Kernen i ChemIDplus er Maskekategori D-deskriptorer og de supplerende begreber for kemikalier som ekstraheret fra MeSH, NLMS medicinske emneoverskrifter. ChemIDplus giver også struktur søgning og direkte links til mange biomedicinske ressourcer på NLM og på internettet for kemikalier af interesse. Databasen indeholder over 351.000 kemiske optegnelser, hvoraf over 58.000 omfatter kemiske strukturer. ChemIDplus kan søges efter navn / Synonym, CAS-registreringsnummer, molekylformel, Klassificeringskode, Lokaliseringskode og struktur. Hvis du vil bruge ChemIDplus, skal du bruge:

1. en internetsøgemaskine, der giver de funktioner, der er nødvendige for at acceptere en strukturforespørgsel i et plug-in. I øjeblikket fungerer dette system med Netscape Navigator 3.04, 4.05 eller højere eller Microsoft Internet Stifinder 4.01 eller nyere, som er tilgængelige fra Netscape eller Microsoft.
2. hvis du vil se de kemiske strukturer, skal du bruge en af følgende plug-ins:
   • Chime Larse Version 2.0 er den nyeste version tilgængelig fra MDL Information Systems, Inc for vind-95/NT, eller Mac (strøm-PC) ved hjælp af Netscape Navigator 3.04 og 4.05 eller højere, og Microsoft Internet Stifinder 4.01 eller højere (undtagen Mac ‘ er) eller
   • Chime Version 1.0.2 Er også tilgængelig for brugere med vinduer 3.1, Vind-95 / NT, Mac (68K eller strøm-PC) eller IRIKS-maskine ved hjælp af ældre bro.sere som Netscape Navigator 2 eller 3.01.
3. Valgfrit: enhver kompatibel strukturtegningspakke som ISIS Kurt/tegning, som gør det muligt at tegne brugerdefinerede strukturforespørgsler.

når Chime er installeret, skal du højreklikke med musen på Strukturindtastningsfeltet på Søgeindtastningssiden. En menu med muligheder for struktur tegning og manipulation vil blive vist. Uden Chime plug-in, vil ChemIDplus ikke vise strukturen, men vil stadig søge og vise alle tekstdata (f. eks., Navn/Synonym, CAS-registreringsnummer, molekylformel, Klassificeringskode, Note og Lokaliseringskode) samt søge i alle lokaliseringssteder fra forespørgselsoutputtet.

Søg Inputside

Figur 1: Søg Inputside.

Der er fire rullemenuer på Søgeindtastningssiden (se figur 1):

1. Datasøgningstype: Klik på et af følgende valg (menu vist i Figur 1) og indtast søgeudtrykket i forespørgselsfeltet, det tomme felt under det.
   • navn / Synonym (standard) – ethvert navn tildelt forbindelsen inklusive Maskeoverskrifter og Superlistenavne.
   • registreringsnummer-CAS-registreringsnummer. Indtast i bindestreg format, f.eks 1746-01-6.
   • formel (bindestreg) – Molekylær formel. Indtast i bindestreg format, f.eks C6-H12-O6.Klassificeringskode-den generelle kategori, der er tildelt et kemikalie baseret på dets toksicitet, anvendelse og anvendelse, farmakologiske og/eller terapeutiske kategori og dets status i visse kemiske lister (f.eks. tumordata, antiemetika, hormon).
   • Lokaliseringskode-navnet på en NLM-database eller en større ressource, der har oplysninger om en given forbindelse (f.eks.
2. logisk Operator
   • lig med (standard)
   • starter med
   • indeholder
3. Vis resultater: antallet af poster, der vises pr.side på Forespørgselsresultatsiden.
   • 10 (standard)
   • 25
4. struktur søgetype: ChemIDplus Letter struktur søgning ved at give tre muligheder adgang fra forespørgslen resultater side, der gør brug af en valgt struktur fra denne side og derfor fjerne behovet for at tegne struktur forespørgsler. Disse muligheder giver brugerne mulighed for at drage fordel af chemidplus ‘ struktursøgningsevne uden at tegne strukturforespørgslerne selv (se tre blå knapper under ID-kolonne i figur 3; se Strukturforespørgsler for et eksempel). Mere sofistikerede brugere kan dog bruge ISIS-Karr / – tegning eller en hvilken som helst kompatibel strukturtegningspakke til at tegne eller ændre strukturforespørgsler, der tilpasser disse til deres specifikationer. De tre muligheder, der er tilgængelige på Søgeinputsiden, er:
   • Understruktursøgning (standard): strukturen i indtastningsfeltet vil blive brugt til at søge efter alle forbindelser med den “understruktur” og andre atomer.
   • Lighedssøgning: strukturen i indtastningsfeltet vil blive brugt til at søge efter alle forbindelser, der indeholder strukturelle funktioner, der er “ens” baseret på en algoritme i serverprogrammet. Brugeren vælger den procentvise lighed, der spænder fra 50% til 100% (standard er 80%) ved en prompt. Bemærk, at output er i Cas-registreringsnummer/ID-rækkefølge, ikke efter lighedsscore.
   • nøjagtig struktur: strukturen i indtastningsfeltet bruges til at finde et nøjagtigt strukturmatch i databasen.

dataforespørgsler (eller søgning efter kemisk Information)

figur 2: Søg efter dioksin.

for at udføre en forespørgsel på et kemikalie vælges datasøgningstypen og den relevante logiske operator fra rullemenuerne til venstre på siden søgeindtastning, før forespørgselsudtrykket indtastes. Klik på søgeknappen, eller tryk på Enter-tasten for at starte søgningen. Inputsiden, der viser en søgning efter stoffet dioksin, er vist i figur 2.

søgningen ovenfor henter dioksinposten og viser resultatet i det format, der er vist i figur 3. Den komplette post vises, fordi der kun var et match til den indtastede søgning. Hvis mere end en post matchede søgningen, Forespørgselsresultatsiden viser en kort registrering af den første 10 matcher. Hver post, der vises på siden med forespørgselsresultater, viser et ID-nummer, strukturen (hvis tilgængelig), CAS-registreringsnummer, Molekylnavn og molekylformlen. Uden Chime-plug-in ‘ en vises kun tekstdataene.

tre blå knapindstillinger er tilgængelige i den nederste ramme på hele Postdisplayet. Forstør struktur er en visningsmulighed, der giver brugeren mulighed for at åbne strukturen i et større vindue for lettere visning. Brug struktur til forespørgsel og brug struktur til lighed er søgemuligheder, der eliminerer behovet for at tegne strukturforespørgsler og derfor letter struktursøgning (se Strukturforespørgsler).

knappen fuld optagelse, der kun vises i det korte postformat, henter hele posten fra databasen, inklusive tekst og struktur, hvis den er tilgængelig. Figur 3 viser den fulde dioksin rekord. Felterne inkluderer følgende:

• molekylær struktur: visning af strukturen via Chime, hvis den er til stede.
• ID: ID-nummeret er CAS-registreringsnummeret i et ikke-bindestreg fast længdeformat eller et unikt nummer for poster, der ikke har CAS-registreringsnumre.
• navne og Synonymer: alle navne kompileret for denne forbindelse i følgende rækkefølge:
  • MeSH overskrift: NLM medicinsk emne Hovedoverskrift anvendt til dette stof.
  • Blandingsnavn: navnet på et multikomponentstof, hvoraf den ene er det hentede stof.
  • stoffets navn: normalt de mest almindeligt anvendte Navne, der inkluderer Maskeoverskrifter og USAN-navne.
  • Superliste navn: Navnet bruges af en kemisk liste producent f.eks EPA, FDA og nci.
  • Synonymer: alle andre navne fundet for dette stof.
  • systematisk Navn: et navn, der normalt beskriver den molekylære struktur af et kemikalie.
• klassifikationskoder: beskriver den generelle kategori, der af en given kilde er tildelt et kemikalie baseret på dets toksicitet, anvendelse og anvendelse, farmakologiske og/eller terapeutiske kategori og dets status i visse kemiske lister.
• formler: molekylformlen i et bindestreg format.
• registreringsnumre: Alle CAS-registreringsnumre, der vides at blive tildelt over tid til en bestemt forbindelse.
• noter: en tekstlig beskrivelse af en sammensat brug og nytte, ofte fra theMeSH kontrolleret ordforråd.
• Locators: navnene på NLM-databaser og andre vigtige ressourcer, der har oplysninger om en given forbindelse. Hvis navnet er hyperlinket, kan du klikke på det for direkte at søge ressourcen efter CAS-registreringsnummer, hvor output vises på højre skærm.

Locator Koder side

figur 4: Locator Koder Side-Dioksin.

siden Lokaliseringskoder indeholder en liste over ressourcer med yderligere kemisk information ud over den, der findes i ChemIDplus. Figur 4 viser siden Lokaliseringskoder for dioksinposten. Dette vises ved at klikke på knappen Locator Codes i den øverste ramme på den fulde postside. Du kan klikke på informationsikonet (i) ved siden af en bestemt locator for at få en beskrivelse af databasen og omfanget af søgningen. Figur 5 viser oplysninger om MEDLINE locator. Klik på en af de hyperlinkede locators (f. eks., MEDLINE) for direkte at søge i denne ressource efter oplysninger om dioksin efter CAS-registreringsnummer. Figur 6 viser MEDLINE-output på højre skærm (se flagmarkøren på venstre skærm).

når du er i en database, kan du tilpasse din søgning til at opfylde dine behov. Bemærk flagikonet på venstre skærm, der markerer den aktive locator (ved siden af MEDLINE i figur 6). Navigering til en anden database opnås ved blot at klikke på en anden hyperlinket locator på venstre skærm på siden Locator koder. Den tidligere udgang vil derefter blive erstattet med output fra den nye locator. Nem navigation fra Locator Display side til de andre hjemmesider og omvendt er et karakteristisk træk ved ChemIDplus.

figur 5: Locator Koder side – Locator og søgeoplysninger.

figur 6: Locator Koder side – MEDLINE Output.

forstørrelse af strukturen

indstillingen Forstør struktur, der findes på hele siden post eller Fuld Post, åbner strukturen i et større vindue for lettere visning. Nogle strukturer er store, og strukturen, der vises på siden med forespørgselsresultater, kan være trang og uklar (se figur 7). Indstillingen Forstør struktur giver et bedre og klarere billede af strukturen (se figur 8). Derudover giver 3D-displayknappen (under den forstørrede struktur) mulighed for visning af 3D-modellen, hvis denne er tilgængelig i databasen.

Figur 7: forespørgselsresultater side – Vancomycin.

figur 8: forstørret struktur af Vancomycin.

Strukturforespørgsler

ChemIDplus giver dig mulighed for at bruge Chime og ISIS / tegn til at tegne din struktur til brug i en forespørgsel eller bruge en af de strukturforespørgselsindstillinger, der er tilgængelige på Forespørgselsresultatsiden. De to muligheder er beskrevet nedenfor.

brug af Chime og ISIS / tegning:

• Placer musen inde i Strukturindtastningsfeltet, og højreklik. Kime-menuindstillingerne vist i figur 9 vises. Vælg Rediger, overfør til ISIS/tegne.
• Tegn din struktur forespørgsel i ISIS / tegne (se dibendioksin forespørgsel struktur i Figur 10).
• Overfør strukturforespørgslen til Strukturindtastningsfeltet på inputsiden ved at klikke på ikonet Return to Chime (det første (længst til venstre) ikon i værktøjslinjen). Se Figur 11.

figur 9: Chime menu.

Figur 10: ISIS/tegne – Dibensodioksin struktur.

Figur 11: underkonstruktion søgeforespørgsel efter Dibensodioksin.

vælg en af Struktursøgningstyperne (Understruktursøgning i dette eksempel), og klik på søgeknappen. Figur 12 viser to af de 89 hits, der er opnået ved denne søgning efter dibenodioksinunderbygningen i databasen.

Figur 12: Dibendioksin underkonstruktion forespørgsel resultater side.

brug struktur fra Forespørgselsresultatsiden til søgning:
ChemIDplus Letter struktursøgning ved at give to muligheder (på Forespørgselsresultatsiden), der eliminerer behovet for at tegne strukturforespørgsler:

• brug struktur til forespørgsel: denne indstilling indsætter den hentede struktur fra en tidligere forespørgsel til Strukturindtastningsfeltet.
• brug struktur til lighed: Denne mulighed starter en øjeblikkelig søgning efter lignende strukturer.

for eksempel i betragtning af resultaterne vist i Figur 12, vælg den anden post (RN = 1746-01-6) og klik på knappen Brug struktur for lighed. Du bliver bedt om at indtaste en procent lighed, der spænder fra 50% til 100% (standard er 80%). Jo højere procentdel indtastet, jo mere ligner de resulterende forbindelser. Efter at have indtastet den procentvise lighed og klikket på OK, søger systemet efter lignende strukturer. Figur 13 viser procent lighedsprompten, og figur 14 viser resultatsiden for Lighedsforespørgslen.

figur 13: procent Lighedsprompt.

Forespørgselsresultatsiden i figur 14 viser to af de 79 hits fra lighedssøgningen efter forbindelsen med CAS-registreringsnummer 1746-01-6. Udgangen er i Cas-registreringsnummer/ID-rækkefølge.

figur 14: lighed forespørgsel resultater side.

Sample søgninger

følgende er eksempler på oplysninger, der kan opnås ved at søge ChemIDplus.

eksempel # 1: Hvilke NLM-databaser indeholder oplysninger om MTBE (methyl tert-butylether)? Er det på U. S. E. P. A. Clean Air List (CAA1)? Prøv at søge MEDLINE fra siden Locator koder.

• navn/Synonym er lig med MTBE
• Klik på knappen Locator koder. (Alle databaser / ressourcer, der er anført på venstre skærm, har oplysninger om MTBE.)
• Kontroller, om CAA1 er angivet som en Locator.
• Klik på locator MEDLINE. (MEDLINE output er på højre skærm.)
• Klik på hoved Forespørgselssiden for at starte en ny søgning.

eksempel # 2: Har acrylamid et Tidsvægtet gennemsnit? Hvis ja, hvad er det?

• navn/Synonym er lig med acrylamid
• du kan rulle ned til afsnittet Klassificeringskoder i den fulde post eller klikke på knappen Klassificeringskoder i øverste ramme for kun at få vist disse oplysninger.
• to data, hvis nogen, er angivet under Superliste Klassificeringskode.

eksempel # 3: hvor mange kemikalier udviser antipsykotisk aktivitet? Hvor mange er phenothias?

• Klassificeringskode starter med antipsykotisk (dette henter alle kemikalier med antipsykotisk aktivitet.)
• Klik på knappen Fuld rekord for nogle af de opnåede poster, og kontroller Klassifikationskoderne, der er anført for disse. Du vil opdage, at der er en specifik Klassificeringskode kaldet “antipsykotiske midler, phenothiase”.
• Foretag en ny søgning – (Klassificeringskode er lig med antipsykotiske midler, fenothiasin)

eksempel #3a: alternativ søgning ved hjælp af Fenothiasinunderstruktur. Dette vil hente alle fenothiaser med kendt antipsykotisk aktivitet inklusive poster, der ikke specifikt er tildelt Klassificeringskoden “antipsykotisk middel, fenothiaser.”Sammenlign dine resultater her med den forrige søgning.

• navn / Synonym er lig med fenothiasin (dette henter phenothiasin-posten).
• Klik på brug struktur for forespørgsel knap (dette overfører strukturen til Forespørgselssiden). Struktur søgetype er indstillet til understruktur søgning.
• Klassificeringskode starter med antipsykotisk. Tryk Enter eller klik på Søg.

eksempel # 4: Giv en liste over kemikalier evalueret for kræftfremkaldende risiko af Det Internationale Agentur for Kræftforskning (IARC)?

• Lokaliseringskode er lig med IARC

eksempel #5: Identificer kemikalier svarende til saccharin. (Brug 80% lighed.)

• navn/Synonym er lig med saccharin
• Klik på brug struktur for Lighedsknap (80% lighed).
• prøv at lave en 70% lighedssøgning.

af Perlita M. Hudson og
George F. fare, Jr., Ph. D.
specialiserede informationstjenester

LIANAG PM, Hudson VV, fare GF Jr, ChemIDplus: et internetbaseret kemisk søgesystem. NLM Tech Bull. 2000 Mar-Apr; (313): e3.