siden den oprindelige udvikling i 2006 har CHARMM-GUI vist sig at være en ideel internetbaseret platform til interaktivt at opbygge komplekse systemer og forberede deres input med veletablerede og reproducerbare simuleringsprotokoller til avancerede biomolekylære simuleringer ved hjælp af udbredte simuleringspakker som CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond og Openmm. CHARMM-GUI-udviklingsprojektet er blevet bredt vedtaget til forskellige formål og indeholder nu en række forskellige moduler designet til at oprette en bred vifte af biomolekylære simuleringssystemer i Input Generator. Mange originale moduler blev udviklet som en intern indsats, men vi har etableret et tæt samarbejde med udviklerne af CHARMM og andre MD-simuleringspakker til tilføjelse af nyere moduler.
vores filosofi inden for CHARMM-GUI-udvikling handler mindre om at levere møtrikker og bolte til molekylær modellering, men i stedet fokuseret på at hjælpe brugerne med at opnå en opgave, såsom at opbygge et membransystem eller løse et protein, ved at levere en strømlinet grænseflade. Dette designprincip hjælper os med at tænke kritisk på arbejdsgangen, når vi designer grænsefladen, hvilket får CHARMM-GUI til at være tilgængelig for brugere med ringe erfaring med modelleringsværktøjer og forbliver nyttige for eksperter, især til batchgenerering af systemer. CHARMM-GUI er blevet brugt af mange forskere, og det er et velkendt værktøj i de biomolekylære modellering og simulering samfund (Se Google Scholar citater).
udviklingsprojektet CHARMM-GUI er stadig i gang. Disse funktionaliteter er ikke kun baseret på anmodninger fra generelle brugere og udviklere, men også på et voksende behov for en samlet platform til at forberede og udføre forskellige avancerede simuleringsmetoder, der er udviklet og vil blive udviklet af mange udviklere i forskellige simuleringsfællesskaber og pakker. CHARMM-GUI vil fortsat hjælpe ekspert-og ikke-ekspertforskere fra en bredere vifte af modellerings-og simuleringssamfundet med at opbygge de komplekse biomolekylære systemer af deres interesse og forberede inputfilerne til enhver generel og avanceret modellering og simulering gennem det store og unikke omfang af CHARMM-GUI-funktionalitet. Det vil også give en effektiv One-stop online ressource for det biomedicinske forskningsmiljø til at udføre innovativ og ny biomolekylær modellering og simuleringsforskning.
Besøg vores COVID-19 Arkiv for indsamling af SARS-CoV-2 proteinsystemer.
Følg CHARMM-GUI på kvidre: https://twitter.com/CharmmGui.
CHARMM-GUI – serveren vil være nede for vedligeholdelse lørdag den 27.marts fra 1:00-2:00 PM (EDT).CHARMM-GUI vil kræve at oprette en brugerkonto fra en uge efter vedligeholdelsen.
