Yanofsky blev uddannet på City College og på Yale University (Ph. D., 1951), hvor han studerede kemi og mikrobiologi. Mens han var i Yale, viste han, at en suppressormutation (ændring i et gen, der vender de synlige virkninger af mutation i et andet gen) resulterer i genoptræden af et ferment, der manglede i en mutant organisme. Han var også en del af forskergruppen, der først demonstrerede, at visse mutante gener producerer inaktive proteiner, der kan påvises med immunologiens teknikker.fra 1954 til 1958 var Yanofsky på den vestlige Reserve University School of Medicine i Cleveland, Ohio, og derefter flyttede han til Stanford University i Palo Alto, Californien. Der arbejdede han med bakterien Escherichia coli, at sekvensen af de nitrogenholdige baser, der udgør en del af strukturen af det genetiske materiale, har en lineær korrespondance med aminosyresekvensen af proteiner. I sine undersøgelser af de biokemiske virkninger af suppressormutationer studerede Yanofsky og hans forskningsgruppe mutanter af formen Neurospora crassa og fandt ud af, at undertrykkelse resulterede i genoprettelsen af evnen til at danne et aktivt ferment i en mutant, der tidligere havde produceret et inaktivt protein.

i løbet af 1970 ‘ erne vendte Yanofsky sit fokus mod reguleringen af messenger RNA (mRNA) af syntesen af tryptophan, en aminosyre, i E. coli og Bacillus subtilis. Mens han gennemførte eksperimenter med fokus på at skelne mekanismerne i denne proces i 1981, bemærkede Yanofsky, at cellen var i stand til at mærke, hvor meget tryptophan der var til stede, og ændre transkriptionsprocessen i overensstemmelse hermed og stoppe den om nødvendigt. Dette indikerede, at mRNA ikke var det eneste molekyle i cellen, der var i stand til at regulere transkription; dette fænomen blev kendt som transkriptionel dæmpning. I 2001 opdagede Yanofsky et af proteinerne, kaldet anti-TRAP, der regulerede produktionen af tryptophan i B. subtilis. Man mente, at proteinet var en mulig forløber for sygdomsbekæmpende antistoffer i højere organismer.