efter race riot i 1919, da sorte kæmpede tilbage mod hvide angreb som en del af byvold i adskillige byer i løbet af Red Summer, arbejdede Johnson som forsker for National Urban League og i 1921 blev han ligaens forskningsdirektør. I løbet af sin tid med National Urban League grundlagde han også magasinet Opportunity som et afsætningsmulighed for sort udtryk inden for kunsten. Han var hovedforsker og forfatter til Chicago Commission on Race Relations for sin rapport om oprøret. Aviser fra perioden havde rapporteret, at initiativtagerne stort set var etniske irere, der forsøgte at opretholde økonomisk og social dominans over sorte i det sydlige Chicago; Johnson bemærkede, at afroamerikanere havde gjort oprør mod benægtelse af økonomisk og social mulighed. Hans arbejde var grundlæggende for negeren i Chicago: en undersøgelse af racerelationer og en Race Riot (1922), udgivet af University of Chicago Press. Det blev betragtet som en klassisk model for omfattende kommissionsrapporter.i 1920 ‘ erne flyttede Johnson til USA, hvor han blev forskningsdirektør for National Urban League. Han var en” iværksætter af Harlem Renaissance”, den kreative bevægelse af afroamerikanske forfattere og kunstnere fra den tid. Han redigerede to tidsskrifter, der udgav mange forfattere i perioden, og etablerede priser på National Urban League for at genkende unge forfattere. I Harlem argumenterede han for sorte kunstnere, der sagde, at de skal bruge deres egne oplevelser som grundlag for deres kreativitet og afvise europæiske standarder. Hans mål var at forbedre negers selvbillede og karakter, og han følte, at de ved at skrive kunne opnå dette.

vend tilbage mod Sydrediger

Johnson længtes efter at vende tilbage til syd, ikke kun for at studere raceforhold, men for at ændre dem. I 1926 flyttede han til Nashville og tog stilling som formand for Institut for sociologi ved Fisk University, et historisk sort college. Der skrev eller instruerede han adskillige undersøgelser af, hvordan kombinerede juridiske, økonomiske og sociale faktorer producerede en undertrykkende racestruktur. To af hans værker er blevet klassikere: Skyggen af plantagen (1934) og opvæksten i det sorte bælte (1940).

i 1929 rapporterede en amerikansk missionær i Liberia, at Liberiske embedsmænd brugte soldater til at samle stammefolk, der blev sendt til øen Fernando Po som tvangsarbejdere.Den liberiske regering benægtede anklagerne og inviterede en Folkeforbundskommission til undersøgelse.Cuthbert Christy fra Storbritannien ledede Kommissionen.Johnson var USA ‘ s repræsentant. Den tidligere præsident for Liberia Arthur Barclay repræsenterede sit land. Kommissionen begyndte at arbejde den 8. April 1930. Resultatet af undersøgelserne var en åbenlyst rapport, der blev forelagt i September 1930.It fundet, at arbejderne var blevet rekrutteret “under betingelse af kriminel tvang næppe skelnes fra slave raiding og slavehandel.”Som et resultat af Christy-rapporten trådte præsident Charles D. B. King og vicepræsident Allen N. Yancy begge af.

i 1930 blev Johnson tildelt Harmon-prisen for videnskab for sit arbejde negeren i den amerikanske civilisation.i 1946 blev Johnson udnævnt til den første sorte præsident for Fisk University. Han tiltrak fremragende fakultet, herunder forfatteren Arna Bontemps, James Johnson, Aaron Douglas og others.In 1946 Johnson var en af 20 amerikanske undervisere valgt til at rådgive om uddannelsesreform i Det besatte Japan. Han var også konsulent for flere konferencer i Det Hvide Hus relateret til ungdom i det amerikanske samfund og medlem af first Board of Foreign Scholarships til Fulbright-programmet.Johnson levede for at fejre den skelsættende højesterets afgørelse brun v. Board of Education (1954), der fastslog, at raceadskillelse i de offentlige skoler var forfatningsstridig. Han spillede en nøglerolle i bestræbelserne på at gennemføre beslutningen i lyset af “massiv modstand” i syd. Hans arbejde og hans jævnaldrende bidrog også til passage af føderal borgerrettighedslovgivning i midten af 1960 ‘ erne.

Han var medlem af Alpha Phi Alpha broderskab. Han var også chartermedlem i Phi Mu Alpha Sinfonia Musik broderskab, chartret på Fisk i 1953.Johnson døde uventet i 1956. Han rejste med tog fra Nashville til Ny York, da han fik et hjerteanfald på perronen ved et stop i Louisville, Kentucky. Han var 63 år gammel.