Charles McBurney blev født i 1845. Han dimitterede i kunst fra Harvard College i 1866 og kvalificerede sig i medicin ved College of Physicians and Surgeons of Columbia University med en MD i 1870. Han uddannede sig yderligere i Europa i 2 år og begyndte at praktisere i 1873. Han blev assisterende kirurg på Bellevue Hospital i 1880 og chefkirurg for Roosevelt Hospital (nu Mount Sinai vest) i 1888. Her udførte han sit mest berømte arbejde med blindtarmsbetændelse og præsenterede sin rapport om operativ ledelse for det nye kirurgiske samfund i 1889. Han beskrev punktet med største ømhed i appendicitis, som nu er kendt som Mcburneys punkt. Han var professor i kirurgi fra 1889 til 1907 og blev derefter emeritus professor i kirurgi. Han fortsatte med at fremme behandlingen af appendicitis, og i 1894 beskrev han det snit, han brugte; selvom snittet tidligere var blevet beskrevet af Louis L. MacArthur, blev det kendt som Mcburneys snit. Han blev tildelt et æresstipendium af Royal College of Surgeons of Edinburgh i 1905 under kollegiets 400-års jubilæum. Æresstipendiet blev tildelt de 36 mest kendte kirurger af tiden.
ud over sit arbejde med appendicitis offentliggjorde McBurney også papirer om behandling af pylorisk stenose, styring af skulderforskydning med brud på humerus og gallsten sygdom. Han introducerede også brugen af gummihandsker under sine operationer for at forbedre aseptisk teknik, efter ledelse af Vilhelm Halsted.efter at den amerikanske præsident McKinley blev skudt den 6. September 1901, ledede Dr. McBurney det medicinske team, der overvågede hans bedring efter akut operation og meddelte pressen den 10.September, at præsidentens tilstand forbedredes, og at han var ude af fare.
Han var en ivrig jæger og fisker og døde i 1913 på en jagttur i Massachusetts.hans barnebarn var amerikansk arkæolog Charles McBurney og hans oldebarn er engelsk skuespiller, forfatter og instruktør Simon McBurney.