Charles I, konge af Spanien, blev valgt til den ledige stilling, der blev efterladt af hans bedstefars død, Maksimilian. Det Hellige Romerske Imperium havde sine rødder i det karolingiske rige i det ottende århundrede, og siden det trettende århundrede blev retten til at vælge kejseren overdraget til at vælge Fyrster. Det forfatningsmæssige valg af kejseren var af nyere oprindelse og dateres til Golden Bull fra 1356. I løbet af det fjortende århundrede, tre rivaliserende dynastier-Habsburg, og den bayerske Vittelsbach-hver hævdede retmæssige indehaver af den kejserlige trone, tegning Rom ind i konflikten og anledning til anti-pavelige polemik af Marsiglio af Padua og Vilhelm af Ockam, som hver blev flygtet til protektion af Vittelsbach sagsøger, Ludvig af Bayern. Golden Bull etablerede faste regler for valget af kejseren, eksklusive både pavelig intervention og kongerigerne i Østrig og Bayern fra valget. Det hedder syv vælgere, fire sekulære og tre kirkelige: ærkebispedømmerne i Køln, Trier og Mains og de sekulære herskere i Sachsen (hertug), Brandenburg (markgreve), Bøhmen (konge) og Palatinat af Rhinen (Grev).valget af hans efterfølger blev anfægtet. Frans I af Frankrig, af Valois-linjen, var en kandidat, ligesom Henry VIII af England kortvarigt. Rom støttede kandidaturen til Frederik den Vise af Sachsen, en af vælgerne, idet han troede, at han ville dæmme op for den voksende Habsburg-familie. Charles selv var af Habsburg-familien, men han var også barnebarn af en hertuginde af Bourgogne (Holland og Nordfrankrig) og barnebarn af Ferdinand og Isabella, der havde forenet Castille og Aragon til et enkelt spansk rige. Derfor var han ikke kun kongen af Spanien, men også arvet Bourgogne, Østrig, selv kongeriget Sicilien. Dette gjorde ham til den naturlige modstander af Francis I og af frygt for Charles’ indgreb på Italien førte paven til side med Frankrig mod Habsburg-kongen. Charles havde imidlertid fordel af enorm personlig rigdom, for ikke at nævne opbakning fra de velhavende Fugger-bankfolk i Augsburg, og han var i stand til at købe støtte fra flertallet af vælgere for at sikre hans tiltrædelse af tronen. Fjendskabet mellem Charles og Rom fortsatte, hvilket førte til hans eventuelle sæk af byen i 1527 og fængsling af pave Clement VII.
Charles’ primære mål for imperiet var at afværge de muslimske tyrkiske styrkers fremskridt mod øst. For at gøre det blev han imidlertid tvunget til at håndtere den kirkelige situation, der delte Europa i Luther. Hans tog en aktiv rolle i forsøget på at løse situationen, fra at tilbyde sin egen tilbagevisning til Luthers berømte tale ved ormens kost i 1521 til at hjælpe med at forhandle forsøg på bosættelser i Augsburg i 1530 og Regensburg i 1541 og endelig støtte de katolske kongeriger i militær aktion mod protestantiske styrker i Schmalkaldisk krig af 1546-47. Sejr der førte til den berømte Augsburg Interim af 1548, som søgte forsoning af de to religiøse partier med magt. Han førte tilsyn med den efterfølgende fredsaftale i Vestfalia i 1555, som gav herskerne i Vesteuropa ius reformandi-retten til at reformere deres territorier og gøre dem til lutherske eller forblive katolske. Charles abdikerede endelig sin trone i 1556 og trak sig tilbage til et kloster for at studere resten af sit liv.
