Chauncy blev født i den elite puritanske købmandsklasse, der styrede Boston, Massachusetts. Hans oldefar, Charles Chauncy, efter hvem han blev opkaldt, var den anden præsident for Harvard College. Hans far var en succesrig Boston-købmand. Chauncy blev uddannet på Boston Latin School og på Harvard, hvor han modtog både sin bachelorgrad og sin kandidatgrad i Teologi. I 1727 blev Chauncy ordineret som assisterende minister for Bostons første kirke, den ældste Menighedskirke i byen og en af de vigtigste i Ny England. I 1762 blev Chauncy præst i første kirke. Han tjente menigheden i 60 år indtil sin død.Chauncy var modstander af den første store opvågnen, som delte Menighedskirkerne mellem gamle lys og nye lys fraktioner. Som leder af de gamle lys talte Chauncy imod religiøs entusiasme, der blev ophidset af genoplivningsprædikanter. Chauncy var også leder af oppositionen mod at udnævne en anglikansk biskop til de amerikanske kolonier. Under den amerikanske Revolution støttede han Patriotsagen gennem prædikener og pjecer. Ifølge religiøse studier lærde Norman og Lee Gibbs, Chauncy fortjener titlen “teolog for den amerikanske Revolution”.Chauncy var chartermedlem af American Academy of Arts and Sciences (1780) og blev tildelt en æresdoktor i guddommelighed grad fra University of Edinburgh. Han blev anerkendt af Massachusetts Historical Society (da hans portræt blev hængt der) som “fremtrædende for hans talenter, læring og elsker frihed, civile og religiøse.”