Description Larse

charmm angle style bruger potentialet

Med et ekstra Urey_Bradley-udtryk baseret på afstanden \(r\) mellemde første og tredje atomer i vinklen. \(K\), \(\theta_0\),\(K_{ub}\) og \(R_{ub}\) er koefficienter defineret for hver angletype.

se (MacKerell) for en beskrivelse af CHARMM forcefield.

følgende koefficienter skal defineres for hver vinkeltype via kommandoen angle_coeff som i eksemplet ovenfor eller i datafilen eller genstart filer læst af read_dataor read_restart kommandoer:

\(K\) (Energi)

• \(\theta_0\) (grader)

• \(K_{ub}\) (energi/afstand^2)

• \(R_{UB}\) (afstand)

\(\theta_0\) er angivet i grader, men lammps konverterer det Toradians internt; derfor er \(k\) effektivt energi perradian^2.

stilarter med en gpu, intel, kk, omp eller opt-suffiks erfunktionelt det samme som den tilsvarende stil uden suffikset.De er blevet optimeret til at køre hurtigere, afhængigt af dit tilgængelige udstyr, som diskuteret på Speed packages docpage. De accelererede stilarter tager de samme argumenter og børproducere de samme resultater, bortset fra runde-off og præcision spørgsmål.

disse accelererede stilarter er en del af henholdsvis GPU, USER-INTEL, KOKKOS,USER-omp og OPT-pakkerne. De er kun aktiveret ifLAMMPS blev bygget med disse pakker. Se siden Build package doc for mere info.

Du kan angive de accelererede stilarter eksplicit i dit input scriptved at inkludere deres suffiks, eller du kan bruge kommandolinjekontakten-suffiks, når du påberåber LAMMPS, eller du kan bruge kommandoen-suffiks i dit input script.

se Speed packages doc side for mereinstruktioner om, hvordan du bruger de accelererede stilarter effektivt.