S Bitvou u Trafalgaru a zhroucení francouzské naděje invaze, Bavlna převzal velení několik lodí umístěných mimo Tajo v Portugalsku. Po francouzské invazi do Iberie, Cotton úzce podporoval portugalskou obranu a následně armádu pod sirem Arthurem Wellesleym, který bojoval v bitvě u Vimeiro. Admirál Bavlna, nově povýšený, námitky k Úmluvě Sintra, která skončila kampaň a odmítal uznat ustanovení, které umožnilo obklíčily ruské eskadry v Lisabonu bezpečný průchod zpět do Ruska. Udržování blokády přes námitky spojenci i nepřátelé, Bavlna nakonec nucen ruského admirála, aby se dohodly na revizi smlouvy, ve které se jeho lodě zůstaly právně ruské, ale bude konat v odzbrojil státu v Britském přístavu po dobu trvání Anglo-ruského nepřátelství.
v roce 1808 Cotton zůstal mimo Portugalsko a zařídil Lisabon jako hlavní přístav pro britskou invazi do Iberie později v roce. Také plánoval a provedl Námořní těžbu 30 000 mužů armády sira Johna Moora uvězněných v Haliči. Bavlněné plány dovoleno, aby flotila transporty odstranit drtivou většinu armády poté, co porazil v blízkosti francouzské výkon v Bitvě u la coruña. Koncem roku byl Cotton odvolán do Británie.
v roce 1810 byl Cotton vybrán jako náhrada Lorda Collingwooda ve velení středomořské flotily po Collingwoodově náhlé smrti. Byl to druhý nejstarší námořní velení Námořnictva, a Bavlna pokračoval blízko blokáda francouzskou flotilu v Toulonu a rozšířila operace z moře proti francouzská vojska operující v Jižním Španělsku. V polovině roku 1811 byl Cotton odvolán do Británie a po odchodu Lorda Gambiera převzal velení nad Lamanšskou flotilou. Cotton byl ve funkci pouhých pět měsíců, když se 23. února 1812 zhroutil a zemřel na mrtvici v Plymouthu po prohlídce flotily v zimních kotvištích.
Cotton přežil svou ženu a jejich čtyři děti. Lady Cotton byl narodil Filadelfie Rowley (b ca 1763 d 1855), dcera Admirála Sira Joshuy Rowley 1. Bt, a vnučka Admirál Loďstva Sir William Rowley. Rowleyovi byli již prominentní Námořní dynastií, se třemi baronetami získanými jednotlivými členy rodiny. Cotton se oženil s Philadelphií Rowleyovou v roce 1798. Z jejich čtyř dětí se nejstarším synem stal Sir St Vincent Cotton, 6. Baronet (1801-1863) ve věku 10 let. (Oženil se jen krátce před svou smrtí 1863 a baronetství vyhynulo jeho smrtí v lednu 1863). Jeho dcera Marie Susanna Rowley později, Dáma, Král (d. 1871) byla druhá manželka Vice-Admirál Sir Richard Král, 2. Bt, jak 1822, a měl několik dětí.
Cotton byl pohřben v kostele Landwade v Cambridgeshire s rodinou, která mu v Madingley zvedla pomník. Jeho památník monumentálním zedníkem Flaxmanem byl postaven ve farním kostele Cambridgeshire.
