Protein 4.1 věda, z aminokyselin do sekvencí a struktur,

Proteiny jsou velké, komplexní molekuly, které hrají klíčovou roli pro udržení normální fungování lidského těla. Jsou nezbytné nejen pro strukturu a funkci, ale také pro regulaci tkání a orgánů těla. Proteiny jsou tvořeny stovkami menších jednotek nazývaných aminokyseliny, které jsou navzájem spojeny peptidovými vazbami a tvoří dlouhý řetězec.

4.2 proteinová aktivní místa

aktivní místo proteinu se obvykle nachází ve středu působení a klíč k jeho funkci. Prvním krokem je detekce aktivních míst na povrchu proteinu a přesný popis jejich vlastností a hranic. Tyto specifikace jsou životně důležité vstupy pro následnou predikci cílové druggability nebo porovnání cílů. Většina algoritmů pro aktivní detekci místa je založena na geometrickém modelování nebo výpočtu založeném na energetických vlastnostech.

4.3 role proteinových kapes

tvar a vlastnosti proteinového povrchu určují, jaké interakce jsou možné s ligandy a jinými makromolekuly. Kapsy jsou důležitým, ale nejednoznačným rysem tohoto povrchu. Během procesu objevování léčiva je prvním krokem při screeningu sloučenin olova a potenciálních molekul jako léčiv obvykle výběr tvaru vazebné kapsy. Tvar hraje roli v mnoha výpočetních farmakologických metodách. Na základě stávajících výsledků byla většina vlastností důležitých pro predikci vazby na léčivo závislá na velikosti a tvaru vazebné kapsy, s chemickými vlastnostmi sekundárního významu. Tvar povrchu je také důležitý pro interakce mezi bílkovinami a vodou. Definování diskrétních kapes nebo možných míst interakce však stále zůstává nejasné, vzhledem k tvaru a umístění blízkých kapes ovlivněných promiskuitou a rozmanitostí vazebných míst. Vzhledem k tomu, že většina kapes je otevřená rozpouštědlům, je hlavní obtíž definovat hranici kapsy. Ty uzavřené pro rozpouštědlo označujeme jako pohřbené dutiny. S výhodou dobře definovaného rozsahu, plocha a objem, pohřbené dutiny jsou jednodušší lokalizovat. Naproti tomu hranice otevřené kapsy definuje její ústa a poskytuje mez pro stanovení povrchové plochy a objemu. Ani definování kapsy jako sady zbytků nedefinuje objem ani Ústí kapsy.

4.4 Druggability roli předpověď

Ve farmaceutickém průmyslu, je aktuální prioritou strategie pro cíl posouzení je high-propustnost screeningu (HTS). NMR projekce jsou aplikovány proti velkým složeným souborům dat. Měří se chemické vlastnosti sloučenin vázajících se na specifické cíle, takže o účinnosti vazby rozhodne, jak dobře se složené sady váží na chemický prostor. Úspěch sazby prakticky dokovací léku-jako ligandů do aktivního místa cílové proteiny by být zjištěny pro stanovení priorit, zatímco většina aktivních míst se nachází na kapsy.

S výhodami velké množství strukturálních dat, výpočetních metod z různých perspektiv pro druggability predikce byly zavedeny během posledních 30 let s pozitivními výsledky, jako životně důležitý nástroj k urychlení predikce přístupnosti. Mnoho kandidátů bylo již od té doby integrováno do potrubí pro zjišťování drog.