Paralelní Prefetching pro Kanonický Ensemble Monte Carlo Simulace

s cílem umožnit rozsáhlé molekulární simulace, algoritmy musí efektivně využít vícejádrové procesory, které i nadále zvyšovat celkový základní počet v průběhu času s relativně stagnující rychlosti hodin. I když paralelizované molekulární dynamiky (MD) software využila tohoto trendu v počítači hardware, single-particle odchylky s Monte Carlo (MC) jsou více obtížné paralelizovat než systémové aktualizace v MD pomocí dekompozice domén. Místo toho prefetching rekonstruuje sériový Markovův řetězec po paralelním výpočtu více pokusů MC. Kanonický ensemble MC simulace Lennard-Jones tekutiny s prefetching za následek až o faktor 1,7 zrychlení pomocí 2 závity, a faktor 3 zrychlení pomocí 4 vláken. Jsou diskutovány strategie pro maximalizaci efektivity předběžných simulací, včetně potenciálně neintuitivního přínosu snížené pravděpodobnosti přijetí. Stanovení optimální pravděpodobnosti přijetí pro paralelní simulaci je zjednodušeno teoretickou predikcí ze sériových simulačních dat. Konečně, kompletní open-source kód pro paralelní prefetch simulace byl zpřístupněn v Free Energy and Advance Sampling Simulation Toolkit (FEASST).

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.