Automatické sekvenování DNA pomocí kapilární elektroforézy

Oddělení produktů radioaktivní označeny nebo fluorescenční dideoxy sekvenační reakce je historicky provedeno v poly-akrylamidu slab gel, například používané v 96-lane ABI 377. Nevýhody z této metody patří nutnost připravovat čerstvý gel pro každý sekvenční běh, manuální načítání vzorků do gelu, relativně dlouhé doby běhu (8 ~ 10 hodin na řešení 1Kb DNA fragmentu), a problémy v automatické a/nebo ruční sledování jízdních pruhů.

alternativní separační metoda používá kapilární elektroforézu. Série standard dideoxy sekvenování DNA reakce jsou připravené, každý v jednom no 8 řádek x sloupec 12 96-well plate. Série ultratenkých kapilár (0.1 mm vnitřní otvor, délka 50 ~ 80 cm) se naplní směsí pryskyřičných korálků a umístí se do vícekapilárního pole. Jeden konec pole je uložen v záporně nabité katodové desce tak, že jejich konce jsou zarovnány s každou jamkou vzorkovací desky. Aplikace vysokého napětí způsobí, že značená DNA v každé jamce vzorku vstoupí do odpovídající kapiláry, a migrovat, i když k kladně nabitému zásobníku anody. Vzhledem k vysokému použitému napětí vyžaduje elektroforetická separace pouze 1 ~ 3 hodiny. Stejně jako u deskové gelové elektroforézy se menší fragmenty pohybují rychleji než větší . Barviva koncových štítků jsou aktivována laserem v okně detektoru a fluorescenční vlnová délka každého fragmentu je čtena fotometrem, když prochází pevným bodem. Na rozdíl od desky gel systém, laser a fotometry jsou pevná a nepohyblivá, a můžete aktivovat a číst více side-by-side kapilár současně jako samostatné datové proudy: tím se zabrání problém sledování oddělené pruhy v slab gel. Data Mobility jsou odesílána do počítače a pro každý vzorek je generován chromatogram, který je v podstatě totožný se systémem deskového gelu.

kapilární sekvencery obvykle používají robota k automatickému načtení stohu vzorkovacích desek. Kapilární pole je propláchnuto pufrem mezi deskami, takže stroj může být ponechán bez dozoru po mnoho běhů. V největších zařízeních mohou být reakce PCR také přímo spojeny se sekvenačními deskami v robotických pracovních stanicích, které obsluhují desítky nebo stovky kapilárních sekvencerů. Data chromatogramu jsou umístěna na serveru a uživatelé si je mohou stáhnout stovky nebo tisíce kilometrů daleko. Úspory rozsahu mohou zlevnit outsourcing sekvenování DNA, spíše než nákup, Údržba, a personální obsazení interního stroje.