fyzikální a chemické bariéry, které brání patogenům dostat se do našeho těla tkání v první řadě jsou často přehlíženy. Jak ukazuje obrázek 1, nejkomplexnější bariérou je vodotěsná vrstva pokožky, která pokrývá povrch těla. Lidská kůže udržuje většinu patogenů tak dlouho, dokud zůstane neporušená. Rychlost, s jakou se může nakazit řez nebo pasení, je připomínkou ochrany, kterou normálně dostáváme z naší pokožky.
parazitárních infekcí (např. malárie) jsou přenášeny kousnutím bezobratlých (např. komáři) proniká do kůže, když se vezme krevní moučky. Lidé jsou také náchylní k invazi patogenů do vzduchu, potravin, vody a půdy nebo při fyzickém kontaktu s infikovanými lidmi, některými zvířaty (např. prasata, psi, drůbež) nebo jejich výkaly. Jako na Obrázku 1 ilustruje, vnitřní povrch dýchací soustava (nos, hrdlo, dýchací cesty a plíce), žaludku, střev, močového měchýře a pohlavních orgánů jsou lemovány s membránami, které vylučují želé-jako hlen, představující bariéru proti vstupu patogenů naše tkáně prostřednictvím těchto trasách. Mikroskopické chloupky zvané řasy lemují dýchací systém a ‚porazit‘ unisono odsunout hlenu, které obsahují pasti patogenů směrem k nosu a úst, kde mohou být vyloučen při kašli a kýchání, nebo polykají se do žaludku, kde je kyselina ničí je.
Obrázek 1 odkazuje na konkurenci komenzálních bakterií (někdy označovaných jako „Přátelské bakterie“) ve střevě a reprodukčním systému. Komenzální bakterie jsou nepatogenní obyvatelé střeva a reprodukčního systému. Zabírají prostor, který by jinak mohl být kolonizován patogenními druhy, a používají živiny pro svůj vlastní růst, čímž snižují zdroje dostupné pro množení patogenů a způsobení onemocnění.
chemické bariéry proti infekci zahrnují enzymy v slzách, slinách a hlenu, které rozkládají povrch bakterií. Kyselina v potu a v žaludku zabíjí buněčné patogeny a v spermatu jsou antibakteriální proteiny (tekutina, která obsahuje mužské spermie).
složitější mechanismy imunitního systému jsou potřebné pouze tehdy, pokud patogeny porušují tyto fyzikální a chemické bariéry.