Podzemní ekosystémy jsou nejdůležitějšími zdroji pitné vody po celém světě, ale oni jsou ohroženy znečištění a nadměrného využívání zdrojů. Ropné skvrny představují nejčastější zdroj kontaminace a vysoké zatížení uhlíkem má za následek anoxii a strmé geochemické gradienty. Mikroby hrají hlavní roli při přeměně ropných uhlovodíků na méně toxické látky. Pro zkoumání mikrobiálních populací na úrovni jedné buňky je fluorescenční in situ hybridizace (FISH) nyní dobře zavedenou technikou. Nedávno však byla zavedena katalyzovaná depozice reportérů (CARD)-FISH pro detekci mikrobů z oligotrofních prostředí. Nicméně, ropné kontaminovaných zvodní představit nejhorší scénář pro RYBY techniky díky kombinaci vysoké pozadí fluorescence uhlovodíků a přítomnost malých mikrobiálních buněk způsobené nízké fluktuace charakteristika podzemních vod, ekosystémů. Není proto divu, že studium mikroorganismů z takových míst jsou většinou založeny na pěstování techniky, otisky prstů, a amplikonu sekvenování. Pro odhalení populační dynamiky a mezidruhových vztahů klíčových účastníků degradace kontaminantů je však ryba nepostradatelným nástrojem. V této studii byl vyvinut protokol pro ryby v kombinaci s kvantifikací buněk pomocí automatizovaného počítacího mikroskopu. Protokol zahrnuje separaci a čištění mikrobiálních buněk od částic sedimentu, permeabilizaci buněk a nakonec karetních ryb v mikrovlnné troubě. Jako důkaz principu, rozdělení Archaea a Bakterie bylo prokázáno, že v 60 sediment vzorky odebrané po oblaku kontaminantu z podzemní vody (Leuna, Německo), která byla silně kontaminována s několika deseti-tisíc tun ropných uhlovodíků od druhé Světové Války.