Instalace a použití CheckM
naleznete na domovské stránce projektu pro využití v podrobnosti a pokyny k instalaci: https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki
doporučujeme instalaci CheckM z hlavní větve. To může být nestabilní. Nainstalujte prosím oficiální vydání CheckM nebo použijte pip.
Odhad kvality KPR genomů
Informace o získání lepší kvality odhadů pro KPR (Patescibacteria) genomech lze nalézt zde:https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki/pracovní Postupy pomocí#-cpr-marker-set
přechod na Python 3,
CheckM byl portován na Python 3 se ubytovat Python 2 končí životnost na 1. ledna 2020. CheckM > = 1.1.0 vyžaduje Python 3. Python 2 již nebude aktivně podporován. Omlouvám se za jakékoli problémy, které to může způsobit.
masivní díky baudrly, Vini Salazar, a Asaf Peer pro počáteční Python 2 na 3 Portování.
Python 2 až 3 Validace
Přenos CheckM do Pythonu 3 bylo ověření na souboru 1000 genomů náhodně vybrat z GTDB R89 zástupce genomů. Výsledky byly porovnány s výsledky generovanými s CheckM v1. 0. 18, Poslední Python 2 verze CheckM. Stejné výsledky byly získány pro metody‘ lineage_wf‘,‘ taxonomy_wf ‚a‘ ssu_finder ‚ napříč touto sadou testovacích genomů. Další metody CheckM byly provedeny na malé sadě 3 genomů, aby se ověřilo, že běží do dokončení v Pythonu 3.
odstraněné funkce
následující funkce byly odstraněny z CheckM v1. 1.x s cílem zjednodušit kód základny a zaměřit se CheckM a žádosti o podporu na kritické funkce:
- bin_qa_plot: non-kritický, používá jen zřídka pozemku, který není měřítko velkého množství MAGs teď být získány zpět
- par_plot: non-kritické pozemku a stejné informace je lepší uvedeny v referenční rozdělení pozemků
- cov_pca, tetra_pca: alternativy k programu tyto statické pozemky existují nástroje jako je Anvi ‚ o ‚
- len_plot: používá se zřídka pozemku, který je do značné míry redundantní s len_hist a nx_plot pozemky
- bin_union, bin_compare: funkce bohatý alternativní teď existují, jako DAS Nástroj a UniteM
Hlášení o chybě
Prosím hlásit chyby prostřednictvím GitHub problémy systému.
