Stanovení diagnózy cystické fibrózy (CF) je přímočará u většiny pacientů: jsou přítomné s jasným klinickým obrazem (nejčastěji chronické respirační příznaky plus malabsorpce), pot sodný hodnota je>60mmol/L a dva známé onemocnění, které způsobuje CFTR mutace jsou označeny. U méně než 5% subjektů, zejména těch s mírnějším nebo omezeným fenotypem, je diagnostický proces složitější, protože počáteční výsledky diagnostických testů jsou neprůkazné: koncentrace chloridu potu v mezilehlém rozmezí, méně než 2 CF způsobující zjištěné mutace nebo obojí. Tito pacienti by měli být odkázáni na odborná centra, kde lze provádět biologické testy funkce CFTR, jako je měření rozdílu nosního potenciálu nebo měření střevního proudu. Přesto u některých pacientů, navzdory příznakům kompatibilním s CF a určité indikaci dysfunkce CFTR (např. pouze střední hodnota chloridu potu), nejsou diagnostická kritéria splněna (např. identifikována pouze 1 mutace CFTR). U těchto subjektů se používá termín CFTR related disorder (CFTR-RD). Pacienti s diseminovanou bronchiektázií, vrozenou bilaterální absencí vas deferens a akutní nebo recidivující pankreatitidou mohou spadat do této kategorie. CF má velmi široké spektrum onemocnění a diagnóza se stále častěji provádí během dospělého života, zejména u subjektů s mírnějšími fenotypy. V mnoha zemích byl zaveden celostátní screening CF novorozenců (NBS). U dětí pozitivních na obrazovce musí být diagnóza CF potvrzena testem potu prokazujícím koncentraci chloridu potu nad 60 mmol / L. Aby bylo dosaženo přínosu NBS, musí každé dítě, u kterého je potvrzena diagnóza CF, okamžitě sledovat a léčit v referenčním centru CF. CF NBS není úplný důkaz: některé diagnózy budou vynechány a u některých dětí nelze diagnózu s jistotou potvrdit ani vyloučit. Screeningové algoritmy, které zahrnují sekvenování genů, detekují vysoký počet takových dětí, které jsou pozitivní na obrazovce s neprůkaznou diagnózou (CFSPID). I v roce 2016 je nejspolehlivějším a nejrozšířenějším diagnostickým testem pro CF měření koncentrace chloridů v potu. Metodou volby je pot indukce pilokarpin iontoforéza, následuje pot sbírka na gázu nebo filtrační papír nebo v Macroduct cívky. Vzhledem k tomu, že jsou k dispozici terapie specifické pro mutace, je důležité identifikovat mutace odpovědné za CF u každého jednotlivého pacienta.