skladování a retrievalEdit

primární použití cheminformatics je ukládání, indexování a vyhledávání informací týkajících se chemických sloučenin. Efektivní vyhledávání takových uložených informací zahrnuje témata, která se zabývají v informatice, jako je dolování dat, vyhledávání informací, extrakce informací a strojové učení. Související témata výzkumu patří:

Soubor formatsEdit

in silico reprezentace chemických struktur využívá specializovaných formátů, jako jsou Zjednodušené molecular input line entry specifikace (USMĚJE se) nebo XML-založené Chemical Markup Language. Tyto reprezentace se často používají pro skladování ve velkých chemických databázích. Zatímco některé formáty jsou vhodné pro vizuální reprezentace ve dvou nebo třech rozměrech, jiné jsou vhodnější pro studium fyzikálních interakcí, modelování a dokovací studie.

virtuální knihovnyeditovat

chemická data se mohou týkat skutečných nebo virtuálních molekul. Virtuální knihovny sloučenin mohou být generovány různými způsoby, aby prozkoumaly chemický prostor a předpokládaly nové sloučeniny s požadovanými vlastnostmi. Virtuální knihovny tříd sloučenin (drogy, přírodní produkty, syntetické produkty orientované na rozmanitost) byly nedávno generovány pomocí algoritmu FOG (fragment optimized growth). To bylo provedeno pomocí cheminformatic nástroje pro vlak přechod a pravděpodobnost, že markovský řetězec na autentických tříd sloučenin, a pak pomocí Markovových řetězců pro generování nových sloučenin, které byly podobné školení databáze.

virtuální screeningEdit

V kontrastu s vysokou propustností screeningu, virtuální screening zahrnuje computationallyscreening in silico knihoven sloučenin, pomocí různých metod, jako asdocking, identifikovat členy pravděpodobné, že mají požadovanou propertiessuch jako biologické aktivity proti určitému cíli. V některých případech se při vývoji knihovny používá kombinatorická chemie ke zvýšení efektivity těžby chemického prostoru. Častěji se promítá různorodá knihovna malých molekul nebo přírodních produktů.

Kvantitativní vztah mezi strukturou a aktivitou (QSAR)Upravit

Toto je výpočet kvantitativní vztah mezi strukturou a aktivitou a kvantitativní struktura majetku, vztah hodnoty, použité pro predikci aktivity látek z jejich struktury. V této souvislosti existuje také silný vztah k chemometrii. Chemické expertní systémy jsou také relevantní, protože představují části chemických znalostí jako zastoupení in silico. Existuje relativně nový koncept analýzy odpovídajících molekulárních párů nebo predikce řízené MMPA, která je spojena s QSAR modelem za účelem identifikace útesu aktivity.