analyzovala jsem několik Diels-Alder a Povarov reakce QM výpočty (DFT, provádí na Jaguar tím, Schrödinger). Snažím se zvážit všechny možné produkt získat více dat v předstihu, s ohledem na možné asymetrické odchylky, takže pro každé reakce mám 4 TS (každý pouze s jedním negativní frekvence, která zahrnuje právo atomy a potvrzen IRC):
-
endo + re straně dienophile
-
endo + si stranu dienophile
-
exo + re straně dienophile
-
exo + si stranu dienophile
Budu používat svou energii pomocí Eyring rovnice, doufejme, že určit izomerní preference.
jsem sám na této straně projektu, protože výpočetní PI já jsem v kontaktu hlavně s úchyty léčiv a medchem projektů, on není odborník na QM výpočty, tak v praxi jsem samouk. Chtěl bych s vámi probrat pár věcí:
-
je můj přístup vůbec správný?
-
existují nějaké úpravy, které bych mohl udělat?
nyní pro skutečnou otázku.
snažím se reprodukovat získané experimentální výsledky. Nicméně, jsem důsledně stále nižší TS energie z exo-TSs, zatímco oba endo-TSs mají mírně vyšší energie, zatímco by to mělo být naopak, protože pokud vím, tak na endo TS by měl být nejnižší v energii, ale vést k thermodinamically méně stabilní produkt. Hledám poměr endo / exo v rozmezí od 3: 1 do 7: 1. Je rozdíl příliš malý na to, aby byl detekován výpočetně?. Vyzkoušel jsem několik kombinací DFT funkcionálů, bázových množin a výpočtových podmínek, protože reakce probíhá v toluenu při -30°C (4x2x4 = 32):
