hemIDplus (http://chem.sis.nlm.nih.gov/chemidplus/) je Webový vyhledávací systém, který poskytuje přístup k struktura a názvosloví orgán soubory používané pro identifikaci chemických látek uvedený v National Library of Medicine (NLM) databází. Jádrem ChemIDplus jsou deskriptory MeSH kategorie D a doplňkové koncepty pro chemikálie extrahované ze sítě, nadpisy lékařských předmětů NLM. ChemIDplus také poskytuje strukturu vyhledávání a přímé odkazy na mnoho biomedicínských zdrojů na NLM a na Internetu pro chemické látky zájmu. Databáze obsahuje přes 351 000 chemických záznamů, z nichž přes 58 000 obsahuje chemické struktury. ChemIDplus je vyhledávat podle názvu / synonymum, číslo registru CAS, Molekulární vzorec, klasifikační kód, kód lokátoru a struktury. Použití ChemIDplus, budete potřebovat:

1. Webový prohlížeč, který poskytuje funkce potřebné přijmout strukturu dotazu do plug-in. V současné době tento systém pracuje s Netscape Navigator 3.04, 4.05 nebo vyšší nebo Microsoft Internet Explorer 4.01 nebo vyšší, které jsou k dispozici od Netscape nebo Microsoft.
2. Pro zobrazení chemické struktury, budete potřebovat následující pluginy:
   • Chime™ Verze 2.0 je nejnovější verze k dispozici od MDL Information Systems, Inc. pro Win-95/NT, nebo Mac (Power PC) pomocí Netscape Navigator 3.04 a 4.05 nebo vyšší, a Microsoft Internet Explorer 4.01 nebo vyšší (s výjimkou Maců) NEBO
   • Zvukové Verze 1.0.2 je k dispozici také pro uživatele s Windows 3.1, Win-95 / NT, Mac (68K nebo Power PC) nebo IRIX stroj pomocí starších prohlížečů, jako je Netscape Navigator 2 nebo 3.01.
3. Volitelné: jakýkoli kompatibilní balíček pro kreslení struktury, jako je ISIS™ / Draw, který umožní kreslení vlastních dotazů na strukturu.

jakmile je nainstalován Chime, klikněte pravým tlačítkem myši na vstupní pole struktury na vstupní stránce vyhledávání. Zobrazí se nabídka možností pro kreslení struktury a manipulaci. Bez Chime plug-in, ChemIDplus nebude zobrazovat strukturu, ale bude stále vyhledávat a zobrazovat všechna textová data (např, Jméno/synonymum, číslo registru CAS, Molekulární vzorec, klasifikační kód, Poznámka a kód lokátoru), stejně jako vyhledávání všech míst lokátoru z výstupu dotazu.

vyhledávací vstupní stránka

Obrázek 1: vyhledávací vstupní stránka.

k Dispozici jsou čtyři rozevírací nabídky v Hledání Vstupní Stránku (viz Obrázek 1):

1. Data Typ Vyhledávání: Klepněte na jednu z následujících výběrů (menu je znázorněno na Obrázku 1), a zadejte hledaný výraz do pole dotazu, prázdné pole pod ním.
   • název / synonymum (výchozí) – libovolný název přiřazený sloučenině, včetně nadpisů OK a názvů Superlistu.
   • Registry Number – CAS registry number. Zadejte ve spojovníku formátu, např., 1746-01-6.
   • vzorec (pomlčka) – Molekulární vzorec. Zadejte ve spojovníku formátu, např., C6-H12-O6.
   • Kód Klasifikace – obecné kategorie přiřazené k chemické založené na jeho toxicitu, použití a aplikace, farmakologické a/nebo terapeutické kategorie, a jeho postavení v určité chemické seznamy (např. nádor dat, antiemetika, hormonální).
   • Locator Code – název databáze NLM nebo hlavního zdroje, který obsahuje informace o dané sloučenině (např. HSDB, AIDSLINE, IARC).
2. Logický Operátor
   • Rovná se (výchozí)
   • Začíná
   • Obsahuje
3. Zobrazit Výsledky: počet záznamů zobrazených na stránce v Dotazu na Stránce s Výsledky.
   • 10 (výchozí)
   • 25
4. typ vyhledávání struktury: ChemIDplus struktura usnadňuje vyhledávání tím, že poskytuje tři možnosti přistupovat z Dotazu Výsledky, Stránky, které využívají vybrané struktury z této stránky, a proto eliminují potřebu kreslit struktury dotazů. Tyto možnosti umožňují uživatelům využít strukturu vyhledávání schopnost ChemIDplus bez kreslení struktura dotazů sami (viz tři modrá tlačítka pod ID sloupec na Obrázku 3; viz Struktura Dotazů pro příklad). Sofistikovanější uživatelé však mohou použít ISIS™ / Draw nebo jakýkoli kompatibilní balíček pro kreslení struktur k kreslení nebo úpravě dotazů na strukturu, které je přizpůsobí jejich specifikacím. Tři možnosti k dispozici na Hledání Vstupní Stránce jsou:
   • Spodku Hledání (výchozí): struktura Vstupního Pole budou použity k hledání pro všechny sloučeniny mají to „spodku“ a další atomy.
   • vyhledávání podobnosti: struktura ve vstupním poli bude použita k vyhledávání všech sloučenin, které obsahují strukturní prvky, které jsou „podobné“ na základě algoritmu v serverovém softwaru. Uživatel zvolí procentuální podobnost v rozmezí od 50% do 100% (výchozí hodnota je 80%) na výzvu. Vezměte prosím na vědomí, že výstup je v pořadí CAS Registry Number / ID, nikoli podle skóre podobnosti.
   • přesná struktura: struktura ve vstupním poli bude použita k nalezení přesné shody struktury v databázi.

Datové Dotazy (nebo Hledání Chemických Informací)

Obrázek 2: Vyhledávání pro Dioxiny.

provést dotaz na chemické, vyhledávání dat typu a odpovídající logický operátor jsou vybrané z drop-down menu na levé straně Vyhledávacího Vstupní Stránku, než dotaz termín je zadán. Kliknutím na tlačítko Hledat nebo stisknutím klávesy Enter zahájíte vyhledávání. Vstupní stránka zobrazující hledání látky dioxin je uvedena na obrázku 2.

výše uvedené vyhledávání načte záznam dioxinu a zobrazí výsledek ve formátu znázorněném na obrázku 3. Zobrazí se kompletní záznam, protože k zadanému vyhledávání byla pouze jedna shoda. Pokud se vyhledávání shodovalo s více než jedním záznamem, stránka s výsledky dotazu zobrazí krátký záznam prvního 10 zápasy. Každý záznam zobrazený na stránce s výsledky dotazu zobrazuje identifikační číslo, strukturu (Je-li k dispozici), číslo registru CAS, Název molekuly a molekulární vzorec. Bez pluginu Chime se zobrazí pouze textová data.

ve spodním rámečku celého displeje záznamu jsou k dispozici Tři možnosti modrého tlačítka. Zvětšit strukturu je možnost zobrazení, která umožňuje uživateli otevřít strukturu ve větším okně pro snadnější prohlížení. Použít strukturu pro dotaz a použít strukturu pro podobnost jsou možnosti vyhledávání, které eliminují potřebu kreslit dotazy struktury, a proto usnadňují vyhledávání struktury (viz dotazy struktury).

tlačítko Full Record, které se zobrazí pouze ve formátu short record, načte celý záznam z databáze, včetně textu a struktury, pokud je k dispozici. Obrázek 3 ukazuje úplný záznam o dioxinu. Pole zahrnují následující:

• molekulární struktura: zobrazení struktury pomocí zvonkohry, pokud je přítomna.
• ID: Identifikační číslo je číslo registru CAS ve formátu s pevnou délkou bez pomlčky nebo jedinečné číslo pro položky, které nemají čísla registru CAS.
• Názvy a Synonyma: Všechny názvy, sestavené pro tuto sloučeninu v následujícím pořadí:
  • Ok kurz: NLM Medical Subject Hlavní Nadpis použitý pro tuto látku.
  • název směsi: název vícesložkové látky, z nichž jednou je získaná látka.
  • název látky: obvykle nejčastěji používané Názvy, které zahrnují nadpisy OK a názvy USAN.
  • název Superlistu: Název používaný chemický seznam výrobce např., EPA, FDA a NCI.
  • Synonyma: všechny ostatní názvy nalezené pro tuto látku.
  • systematický název: název, který obvykle popisuje molekulární strukturu chemické látky.
• Klasifikace Kódy: Popisuje obecné kategorie přiřazené dané zdroje chemické látky na základě jeho toxicity, využití a aplikace, farmakologické a/nebo terapeutické kategorie, a jeho postavení v určité chemické seznamy.
• vzorce: molekulární vzorec v pomlčkovém formátu.
• Registry Numbers: Všechna čísla registru CAS, o nichž je známo, že jsou v průběhu času přiřazena konkrétní sloučenině.
• poznámky: textový popis použití a užitečnosti sloučeniny, často z řízené slovní zásoby.
• lokátory: názvy databází NLM a další hlavní zdroje, které obsahují informace o dané sloučenině. Pokud je název hypertextový odkaz, můžete na něj kliknout a přímo vyhledat zdroj podle čísla registru CAS, přičemž výstup se zobrazí na pravé obrazovce.

Locator Kódy Stránce

Obrázek 4: Stránka S Kódy Lokátorů-Dioxin.

Locator Kódy Stránka poskytuje seznam zdrojů s další chemické informace nad rámec, který našel v ChemIDplus. Obrázek 4 ukazuje stránku lokalizačních kódů pro záznam dioxinů. Zobrazí se kliknutím na tlačítko Locator Codes v horním rámečku stránky Full Record. Kliknutím na informační ikonu (i) vedle konkrétního lokátoru získáte popis této databáze a rozsah vyhledávání. Obrázek 5 ukazuje informace o lokátoru MEDLINE. Klikněte na jeden z hypertextových lokátorů (např., MEDLINE) přímo vyhledat tento zdroj pro informace o dioxinu podle registračního čísla CAS. Obrázek 6 ukazuje výstup MEDLINE na pravé obrazovce (viz značka vlajky na levé obrazovce).

jakmile jste v databázi, můžete přizpůsobit vyhledávání tak, aby vyhovovalo vašim potřebám. Všimněte si ikony vlajky na levé obrazovce označující aktivní lokátor (vedle MEDLINE na obrázku 6). Navigace do jiné databáze se provádí pouhým kliknutím na jiný hypertextový odkaz lokátor na levé obrazovce stránky Locator Codes. Předchozí výstup by pak byl nahrazen výstupem z nového lokátoru. Snadná navigace ze stránky Zobrazení lokátoru na jiné webové stránky a naopak je charakteristickým rysem ChemIDplus.

Obrázek 5: Lokalizační Kódy Stránka – Lokátoru a Vyhledávání Informací.

Obrázek 6: Locator Codes Page – Medline Output.

zvětšení struktury

možnost zvětšit strukturu, která se nachází na stránce celý záznam nebo celý záznam, otevře strukturu ve větším okně pro snadnější prohlížení. Některé struktury jsou velké a struktura zobrazená na stránce s výsledky dotazu může být stísněná a nejasná (viz Obrázek 7). Možnost zvětšit strukturu poskytuje lepší a jasnější pohled na strukturu (viz Obrázek 8). Tlačítko 3D zobrazení (pod zvětšenou strukturou) navíc umožňuje zobrazení 3D modelu, pokud je k dispozici v databázi.

Obrázek 7: stránka s výsledky dotazu – Vancomycin.

Obrázek 8: Rozšířené Struktura Vankomycinu.

Struktura Dotazů

ChemIDplus vám dává možnost pomocí zvukového upozornění a ISIS/Draw kreslit své konstrukce pro použití v dotazu nebo pomocí jedné struktury dotazu možnosti k dispozici na Dotaz Stránce s Výsledky. Obě možnosti jsou popsány níže.

pomocí Chime a ISIS / Draw:

• umístěte myš do vstupního pole struktury a klikněte pravým tlačítkem myši. Zobrazí se možnosti nabídky zvonění zobrazené na obrázku 9. Vyberte možnost Upravit, přenést do ISIS / Draw.
• nakreslete dotaz na strukturu v ISIS / Draw (viz struktura dotazu na dibenzodioxin na obrázku 10).
• přeneste dotaz na strukturu do vstupního pole struktura na vstupní stránce kliknutím na ikonu návrat do zvonění (první (úplně vlevo) ikona na panelu nástrojů). Viz Obrázek 11.

Obrázek 9: Zvonkohra menu.

Obrázek 10: ISIS/Draw – Dibenzodioxin Struktury.

Obrázek 11: Spodku Vyhledávací Dotaz pro Dibenzodioxin.

vyberte jeden z typů vyhledávání struktury (v tomto příkladu vyhledávání podstruktury) a klikněte na tlačítko Hledat. Obrázek 12 ukazuje dva z 89 zásahů získaných z tohoto hledání substruktury dibenzodioxinu v databázi.

Obrázek 12: Dibenzodioxin Spodku Dotaz Stránce s Výsledky.

Použití Struktury Z Výsledků Dotazu Stránky pro Vyhledávání:
ChemIDplus struktura usnadňuje vyhledávání tím, že poskytuje dvě možnosti (na Dotaz Stránky s Výsledky), které eliminují potřebu nakreslit strukturu dotazů:

• Použít Strukturu pro Dotaz: Tato možnost vloží načíst struktury z předchozího dotazu na Strukturu Vstupního Pole.
• použít strukturu pro podobnost: Tato možnost spustí Okamžité vyhledávání podobných struktur.

například vzhledem k výsledkům zobrazeným na obrázku 12 vyberte druhý záznam (RN = 1746-01-6)a klikněte na tlačítko Použít strukturu pro podobnost. Budete vyzváni k zadání procentuální podobnosti v rozmezí od 50% do 100% (výchozí hodnota je 80%). Čím vyšší je zadané procento, tím více se výsledné sloučeniny podobají. Po zadání procentuální podobnosti a kliknutí na OK systém vyhledá podobné struktury. Obrázek 13 ukazuje výzvu k procentuální podobnosti a Obrázek 14 zobrazuje stránku s výsledky dotazu podobnosti.

Obrázek 13: percent Similarity Prompt.

stránka s výsledky dotazu na obrázku 14 zobrazuje dva ze 79 zásahů z vyhledávání podobnosti sloučeniny s číslem registru CAS 1746-01-6. Výstup je v pořadí CAS Registry Number / ID.

Obrázek 14: stránka výsledků dotazu podobnosti.

ukázkové vyhledávání

níže jsou uvedeny příklady informací, které lze získat vyhledáním ChemIDplus.

Příklad #1: Které databáze NLM obsahují informace o MTBE(methyl terc-butylether)? Je to na seznamu U. S. E. P. a. Clean Air (CAA1)? Zkuste vyhledat MEDLINE ze stránky Locator Codes.

• jméno / synonymum se rovná MTBE
• klikněte na tlačítko Locator Codes. (Všechny databáze / zdroje uvedené na levé obrazovce mají informace o MTBE.)
• zkontrolujte, zda je CAA1 uveden jako lokátor.
• klikněte na lokátor MEDLINE. (Výstup MEDLINE je na pravé obrazovce.)
• klepnutím na tlačítko Hlavní stránka dotazu zahájíte nové vyhledávání.

příklad #2: Má akrylamid TWA (Time Weighted Average)? Pokud ano, co to je?

• Název/Synonymum Rovná akrylamidu
• můžete přejděte dolů na Klasifikační Kódy oddíl v plné záznamu, nebo klikněte na Klasifikační Kódy tlačítko na horní části rámu, aby zobrazit pouze tyto informace.
• údaje TWA, pokud existují, jsou uvedeny pod klasifikačním kódem Superlistu.

příklad # 3: Kolik chemických látek vykazuje antipsychotickou aktivitu? Kolik jsou fenothiaziny?

• klasifikační kód začíná antipsychotikem (načte se všechny chemické látky s antipsychotickou aktivitou.)
• klikněte na tlačítko úplný záznam některých výsledných záznamů a zkontrolujte klasifikační kódy, které jsou pro ně uvedeny. Zjistíte, že existuje specifický klasifikační kód nazvaný „antipsychotika, fenothiazin“.
• nové hledání – (Klasifikační Kód Rovná antipsychotika, fenothiazin)

Příklad č. 3a: Alternativní Vyhledávání Pomocí Fenothiazin Spodku. Tím se získají všechny fenothiaziny se známou antipsychotickou aktivitou, včetně záznamů, které nejsou specificky přiřazeny Klasifikačnímu kódu “ antipsychotikum, fenothiaziny.“Porovnejte své výsledky zde s předchozím vyhledáváním.

• název / synonymum se rovná fenothiazinu (tím se získá záznam fenothiazinu).
• klikněte na tlačítko Použít strukturu pro dotaz (tím se struktura fenothiazinu přenese na stránku dotazu). Typ vyhledávání struktury je nastaven na vyhledávání podstruktury.
• klasifikační kód začíná antipsychotikem. Stiskněte klávesu Enter nebo klikněte na Hledat.

příklad #4: uveďte seznam chemických látek hodnocených na karcinogenní riziko Mezinárodní agenturou pro výzkum rakoviny (IARC)?

• lokalizační kód se rovná IARC

příklad #5: Identifikujte chemické látky podobné sacharinu. (Použijte 80% podobnost.)

• název / synonymum se rovná sacharinu
• klikněte na tlačítko Použít strukturu pro podobnost (80% podobnost).
• zkuste provést 70% vyhledávání podobnosti.

Perlita M. Liwanag,
Vera W. Hudson, a
George F. Nebezpečí, Jr., Ph.d.
Specializované Informační Služby

Liwanag PM, Hudson VW, Nebezpečí GF Jr, ChemIDplus: Web-Based Chemické Vyhledávací Systém. NLM Tech Bull. 2000 březen-duben; (313): e3.