Od svého původního vývoje v roce 2006, CHARMM-GUI se ukázala být ideální web-založené platformy interaktivně vytvářet složité systémy a připravit své vstupy s dobře zavedenou a reprodukovatelnou simulaci protokoly pro state-of-the-art biomolekulární simulace pomocí široce používán simulační balíky jako CHARMM, NAMD, GROMACS, AMBER, GENESIS, LAMMPS, Desmond, a OpenMM. Na CHARMM-vývoj GUI projektu byla široce přijata pro různé účely a nyní obsahuje řadu různých modulů navržených tak, aby nastavit širokou škálu biomolekulární simulace systémů na Vstup Generátoru. Mnoho původních modulů bylo vyvinuto jako vlastní úsilí, ale navázali jsme úzkou spolupráci s vývojáři CHARMM a dalších simulačních balíčků MD pro přidání novějších modulů.

Naše filozofie v CHARMM-vývoj GUI, které je méně o poskytování matice a šrouby, molekulární modelování, ale místo toho se zaměřuje na pomoc uživatelům dosáhnout úkolu, jako je stavba membránového systému nebo solvatační protein, tím, že poskytuje efektivní rozhraní. Tento princip konstrukce pomáhá nám myslet na workflow kriticky při navrhování rozhraní, což vede CHARMM-GUI, aby byly přístupné pro uživatele s malou zkušeností v modelování nástroje a zůstane užitečné, aby odborníci, a to zejména pro dávkové generace systémů. CHARMM-GUI bylo používáno mnoha výzkumníky a je to dobře uznávaný nástroj v biomolekulárních modelovacích a simulačních komunitách (viz citace Google Scholar).

vývojový projekt CHARMM-GUI stále probíhá. Tyto funkce nejsou pouze na základě žádosti od běžné uživatele a vývojáře, ale také na nově vznikající potřeba jednotné platformě, jak připravit a realizovat různé pokročilé simulační přístupy, které byly vyvinuty a bude vyvinuto mnoho vývojářů v různých simulace společenství a balíčky. CHARMM-GUI bude i nadále pomáhat odborné a non-expert vědci z širší rozsah modelování a simulace společenství, aby vybudovat komplexní biomolekulární systémy, jejich zájmu a připravit vstupní soubory pro jakékoli obecné a pokročilé modelování a simulace přes velké a jedinečné působnosti CHARMM-GUI funkce. To bude také poskytovat efektivní one-stop on-line zdroj pro biomedicínský výzkum společenství, provádět inovativní a nové biomolekulární modelování a simulace výzkumu.

navštivte náš archiv COVID-19 pro sběr proteinových systémů SARS-CoV-2.
Sledujte CHARMM-GUI na Twitteru: https://twitter.com/CharmmGui.

CHARMM-GUI server bude kvůli údržbě v sobotu 27. Března od 1:00 – 2:00 PM (EDT).
CHARMM-GUI bude vyžadovat vytvoření uživatelského účtu od jednoho týdne po údržbě.