Po rasové nepokoje z roku 1919, kdy černoši bojovali proti bílé útoky jako součást městského násilí v mnoha městech během Letní, Johnson pracoval jako výzkumník pro Národní Urban League a v roce 1921, se stal Liga je ředitel výzkumu. Během svého působení v Národní městské lize založil také časopis Opportunity jako odbytiště pro černý výraz v umění. Byl hlavním výzkumníkem a autorem Chicagské Komise pro rasové vztahy pro její zprávu o nepokojích. Noviny z období oznámil, že původci byli do značné míry etnické Irské snaží udržet hospodářský a sociální dominance nad černoši v Jižní Chicago; Johnson poznamenal, že Afričtí Američané se vzbouřili proti popírání ekonomické a sociální příležitosti. Jeho práce byla zásadní pro černocha v Chicagu: studie rasových vztahů a rasové nepokoje (1922), publikovaná University of Chicago Press. Byl považován za klasický model pro komplexní zprávy Komise.
v roce 1920 se Johnson přestěhoval do New Yorku, kde se stal výzkumným ředitelem Národní městské ligy. Byl „podnikatelem harlemské renesance“, tvůrčího hnutí afroamerických spisovatelů a umělců té doby. Editoval dva časopisy, které publikovaly mnoho spisovatelů období, a založil ceny v Národní městské lize, aby uznal mladé spisovatele. V Harlemu, on argumentoval pro černé umělce říká, že musí používat své vlastní zkušenosti jako základ pro jejich kreativitu, odmítnutí Evropské normy. Jeho cílem bylo zlepšit Negro self-image a charakter, a cítil, že psaním by toho mohli dosáhnout.
návrat na jih
Johnson toužil vrátit se na jih, nejen studovat rasové vztahy, ale změnit je. V roce 1926 se přestěhoval do Nashvillu a zastával pozici předsedy katedry sociologie na Fisk University, historicky černé vysoké škole. Tam napsal nebo řídil četné studie o tom, jak kombinované právní, ekonomické a sociální faktory vytvořily utlačující rasovou strukturu. Dvě z jeho děl se staly klasikou: Shadow Of The Plantation (1934) a Growing up in the Black Belt (1940).
V roce 1929 Americký misionář v Libérie oznámila, že Liberijský úředníci používali vojáci shromáždit domorodých lidí, kteří byli odeslány na ostrov Fernando Po, jako nuceně nasazení.Liberijská vláda obvinění odmítla a přizvala vyšetřovací komisi Ligy národů.V čele komise stál Cuthbert Christy z Británie.Johnson byl zástupcem Spojených států. Bývalý prezident Libérie Arthur Barclay zastupoval svou zemi. Komise začala pracovat 8. Dubna 1930. Výsledek šetření byl otevřený zprávu předloženou v září roku 1930.Bylo zjištěno, že dělníci byli přijati „pod podmínkou, trestní nutkání sotva rozlišitelné od otroka útočit a obchodu s otroky.“V důsledku zprávy Christy rezignovali prezident Charles D.B. King a viceprezident Allen N. Yancy.
v roce 1930 získal Johnson Harmonovu cenu za vědu, za svou práci Černoch v americké civilizaci.
v roce 1946 byl Johnson jmenován prvním černošským prezidentem Fisk University. On přitahoval vynikající fakulty, včetně autora Arna Bontemps, James Weldon Johnson, Aaron Douglas a další.V roce 1946, Johnson byl jedním z 20 Amerických pedagogů vybraných poradit na vzdělávací reformy v okupovaném Japonsku. Byl také konzultantem několika konferencí Bílého domu týkajících se mládeže v americké společnosti a členem první rady zahraničních stipendií pro program Fulbright.
Johnson žil na oslavu mezník Nejvyšší Soud rozhodnutí Brown v. Board of Education (1954), který rozhodl, že rasová segregace ve veřejných školách je protiústavní. Hrál klíčovou roli ve snaze provést rozhodnutí tváří v tvář „masivnímu odporu“ na jihu. Jeho práce a práce jeho vrstevníků, také přispěl k průchodu federální občanská práva právní předpisy polovině-1960.
byl členem Alpha Phi Alpha bratrství. Byl také charterovým členem Zeta Rho kapitoly hudebního bratrstva Phi Mu Alpha Sinfonia, pronajatého na Fisk v roce 1953.
Johnson zemřel nečekaně v roce 1956. Cestoval vlakem z Nashvillu do New Yorku, když měl infarkt na nástupišti na zastávce v Louisville v Kentucky. Bylo mu 63 let.
