Chauncy se narodil do elitní puritánské obchodní třídy, která vládla Bostonu v Massachusetts. Jeho pradědeček Charles Chauncy, po kterém byl jmenován, byl druhým prezidentem Harvard College. Jeho otec byl úspěšný Bostonský obchodník. Chauncy byl vzděláván na Bostonské latinské škole a na Harvardu, kde získal bakalářský titul i magisterský titul v teologii. V roce 1727 byl Chauncy vysvěcen jako pomocný ministr prvního Bostonského kostela, nejstaršího sborového kostela ve městě a jednoho z nejdůležitějších v Nové Anglii. V roce 1762 se Chauncy stal pastorem prvního kostela. Kongregaci sloužil 60 let až do své smrti.

Chauncy byl odpůrcem prvního velkého probuzení, které rozdělilo sborové církve mezi staré světlo a nové světlo. Jako vůdce starých světel, Chauncy vystoupil proti náboženskému nadšení vyvolanému kazateli obrození. Chauncy byl také vůdcem opozice proti jmenování anglikánského biskupa pro americké kolonie. Během americké revoluce podporoval patriotskou věc prostřednictvím kázání a brožur. Podle vědců náboženských studií Normana a Lee Gibbse si Chauncy zaslouží titul „teolog americké revoluce“.

Chauncy byl členem Charty Americké akademie umění a věd (1780) a získal čestný titul doktora Božství na univerzitě v Edinburghu. Byl uznán Massachusetts Historical Society (když tam byl zavěšen jeho portrét) jako “ významný pro jeho talent, učení a milovník svobody, občanské a náboženské.“