Popis¶

charmm úhel styl využívá potenciál

s další Urey_Bradley termín založené na vzdálenosti \(r\) mezi první a třetí atomy v úhlu. \(K\), \(\theta_0\),\(k_{Ub}\) a \(R_{ub}\) jsou koeficienty definované pro každý typ úhlu.

viz (MacKerell) pro popis CHARMM silového pole.

tyto koeficienty musí být definována pro každý typ úhel přes theangle_coeff příkaz jako v příkladu výše nebo v datovém souboru, nebo restartovat soubory číst read_dataor read_restart příkazy:

• \(K\) (energii)

• \(\theta_0\) (stupňů)

• \(K_{ub}\) (energie/vzdálenost^2)

• \(r_{ub}\) (vzdálenost)

\(\theta_0\) je zadán ve stupních, ale LAMMPS převádí je toradians interně; proto \(K\) je účinně energie perradian^2.

styly s příponou gpu, intel, kk, omp nebo opt jsou funkčně stejné jako odpovídající styl bez přípony.Byly optimalizovány tak, aby běžet rychleji, v závislosti na vašem availablehardware, jak je uvedeno na Rychlosti balíčky docpage. Zrychlené styly vzít stejné argumenty a shouldproduce stejné výsledky, s výjimkou pro kola-off a přesné otázky.

tyto zrychlené styly jsou součástí balíčků GPU, USER-INTEL, KOKKOS, USER-OMP a OPT. Jsou povoleny pouze tehdy, pokud byly s těmito balíčky vytvořeny flammps. Další informace naleznete na stránce Build package doc.

můžete zadat zrychlené styly explicitně ve vstupním skriptu, včetně jejich přípony, nebo můžete použít přepínač-suffix příkazového řádku při vyvolání LAMMP, nebo můžete použít příkaz thesuffix ve vstupním skriptu.

viz stránka Doc Speed packages pro více informací o tom, jak efektivně využívat zrychlené styly.